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dave00
Nuovo Arrivato
Città: Genova
19 Messaggi |
 Inserito il - 30 aprile 2007 : 10:22:28
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Ciao ragazzi
scusate il disturbo, sto preparano la mia tesi di laurea triennale su alcuni algoritmi di clusterin' gerarchico usati per lo studio dei geni.
Il primo obiettivo del mio lavoro e' quello di trovare e documentare un formato di dati standard usato dalla comunita' bioinformatica internazionale.
Ho cercato un po' in giro, le indicazioni che ho ricevuto sono state:
- Miame < http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html >
- SQLite < http://www.sqlite.org >
- BioDCV < http://biodcv.itc.it >
Sono ancora un po' confuso su quale formato usare / considerare come standard: qualcuno potrebbe darmi una mano
Se c'e' qualcuno di voi che lavora abitualmente nel campo del clusterin' gerarchico, potrebbe gentilmente darmi un'indicazione?
Non so proprio che pesci pigliare!!!
grazie_ciao
-- dave
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2007 : 10:40:43
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hola benvenuto,
non ho capito bene, ti interessa un formato standard per il clustering gerarchico? Mi suona un po' strano...
Oppure un formato per descrivere che cosa? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dave00
Nuovo Arrivato
Città: Genova
19 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2007 : 11:40:45
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A dirti la verita' non ho le idee chiare neppure io...
Nei passi del progetto che devo portare avanti c'e':
1 - identificare il formato dei dati condiviso da tutta la comunita' d'interesse;
2 - studiare un'applicazione [...];
[...]
L'applicazione che il prof m'ha assegnato e' un programma che utilizza un algoritmo di clusterin' gerarchico che serve ad classifaicare i geni in base alla loro distanza.
Essendo nuovo alla bioinformatica non so ancora se esistono tipi di dato standard da usare in questo caso...
hai capito il mio problema?
grazie
-- dave |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2007 : 12:08:44
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mmm forse inizio a capire.
Accidenti il tuo prof. si e' sprecato pero' ;).
Immagina di avere le sequenze dello stesso gene in specie differenti, e di volerti creare un albero filogenetico per capire come queste specie sono imparentate fra di loro.
Esistono diversi algoritmi per creare alberi filogenetici: ti consiglio di dare un'occhiata a wikipedia, che mi pare lo spieghi abbastanza bene:
- http://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree
- http://it.wikipedia.org/wiki/Albero_filogenetico
Questi metodi si classificano in vari modi, possono essere parametrici o basati su matrici di distanza (qui inizio a non ricordarmi bene...).
Mi sembra che UPGMA e anche il Neightbour Joining siano metodi di clusterizzamento gerarchico:
- http://en.wikipedia.org/wiki/UPGMA
- http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbour_joining
Studiati queste pagine e vedi se ti e' piu' chiaro.
Per i formati standard usati in bioinformatica, sappi che la situazione e' nera... in quasi tutto il campo della bioinformatica sono diffusi formati molto mal definiti e basati su plain-text, anche se molto lentamente si stanno facendo sforzi per passare a XML... inoltre, perfino i database piu' importanti sono pieni di file che non rispettano gli stessi standard che sono messi.
Cmq per quello che ti interessa ti consiglio di studiarti la documentazione di Phylip (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html), che e' uno dei programmi storici per la creazione di alberi filogenetici, e magari anche quella di clustalw (http://www.google.com/search?q=clustalw+doc) e di T-Coffee (http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_tutorial.htm), che sono programmi di allineamento multiplo.
In ogni caso, ci sono diversi formati perche' il processo di creare un albero filogenetico richiede diversi stadi (allineamento, clusterizzazione, etc..). |
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dave00
Nuovo Arrivato
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19 Messaggi |
Inserito il - 02 maggio 2007 : 14:22:02
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Grazie mille!
Quindi se ho capito bene non esiste un formato standard per il clusterin' gerarchico in bioinformatica ed e' cosigliabile usare XML ?
Cosa mi puoi dire delle altre indicazioni che avevo ricevuto (Miame, SQLite, BioDCV) ?
Completamente sballate oppure solo alcune delle tantissime possibili?
grazie
-- dave |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2007 : 20:34:29
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No per la costruzione di alberi filogenetici non si usano ancora formati basati sull'XML, perché si preferiscono usare dei file in formato testo.
Dovresti andare dal tuo prof e chiedergli se intende farti studiare appunto la costruzione di alberi filogenetici con metodi computazionali, che é un procedimento nel quale generalmente si usano tecniche di clusterizzazione gerachica.
Detto questo ti devi studiare un bel po' di formati perché si tratta di un processo che richiede più passaggi:
- il formato FASTA che é il più diffuso per le sequenze di DNA/RNA o proteiche;
- i formati EMBL o GENBANK che servono per descrivere informazioni su geni (es. http://www.bioperl.org/wiki/EMBL_sequence_format)
- i formati PHYLIP, CLUSTAL, MSP per gli allineamenti di più sequenze (http://www.bioperl.org/wiki/Special:Search?search=multiple+alignment+format&go=Go)
- i file .dnd, .phy e tutti i file intermedi creati dal pacchetto phylip (seguiti un tutorial) o da altri pacchetti di filogenia più complicati.
Un buon posto dove trovare documentazione é http://bioperl.org , che é il wiki di bioperl, un progetto per creare delle librerie bioinformatiche per il perl e che é abbastanza documentato da avere una buona descrizione dei formati supportati.
In bocca al lupo! Break a leg! Chiedi pure se ti serve qualcosa. |
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