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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
 Inserito il - 24 novembre 2004 : 13:48:17
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Salve a tutti,
devo presentare una piccola relazione su un articolo, ma mi sono inbattutto in questi concetti di 'maximum parsimony (MP)', 'minimum evolution (ME)', 'maximum likelihood (ML)' e metodi bayesani, che non conosco.
In pratica in questo articolo e ricercatori hanno sequenziato il genoma mt della salamandra, e poi lo hanno analizzato con questi criteri. eh, però sono cose da biologi !
Potreste darmi una mano?
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atreliu
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2484 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2004 : 12:45:55
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Mmh.. io sto dando una occhiata online..
Trovo definizioni in http://www.bioinf.org/molsys/glossaryM.html :
Citazione:
Maximum Likelihood (ML) This is a method of inferring phylogenetic relationships using a pre-specified (often user-specified) model of sequence evolution. Given a tree (a particular topology, with branch lengths), the ML process asks the question "What is the likelihood that this tree would have given rise to the observed datamatrix, given the pre-specified model of sequence evolution?"
Maximum Parsimony (MP) The principle of simpler solutions being preferred over more complex ones. In relation to phylogeny reconstruction this means that phylogenetic trees that can explain a datamatrix by fewer evolutionary events is preferable over a tree that requires more evolutionary events.
Minimum Evolution (ME) This is an objective function for optimising a phylogenetic tree based on a distance matrix. ME seeks to find the tree wiith the shortest overall branch lengths.
Per quanto riguarda il maximum parsimony, ho trovato anche questa spiegazione:
For a given topology, the sum of the minimum possible substitutions over all sites is known as the tree length of that topology. The topology with the minimum tree length is known as the Maximum Parsimony tree.
http://www.megasoftware.net/WebHelp/mega2_help.htm
Riky |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2004 : 13:05:29
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Grazie per la risposta!!
Si, in pratica si tratta di 3 criteri utilizzati per confrontare due sequenze.
Ad esempio, confrontando il mitocondriale di diversi organismi, è possibile ottenere 3 alberi filogenetici diversi, a seconda di quale criterio viene utilizzato. Poi questi alberi vengono messi assieme per creare quello più verosimile.
Allora, se ho capito bene:
-MP (Maximum parsimony) è il criterio più semplice per confrontare 2 sequenze: in pratica, viene contato il n. di nucleotidi differenti, e due sequenze sono tanto più vicine, tanto questo numero è minore.
-ML (Maximum likelihood): è simile al criterio precedente, però tiene conto che alcune mutazioni possono avere un peso diverso di altre. Ad esempio, una sostituzione può causare un codone di STOP oppure creare siti di restrizione nuovi.
-ME (Minimum evolution): si confrontano due sequenze per calcolare il n. di 'eventi di mutazione' necessari per passare dall'una all'altra. Ad esempio, per passare da AAAAA a AAAC sono necessari al minimo due eventi evolutivi (la delezione di una A e una sostituzione C>A) quindi la distanza evolutiva è di 2. |
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