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nuna
Nuovo Arrivato

48 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2007 : 18:48:38

Ragazzi ho molto bisogno di voi!
utilizzo un programma per fare dei calcoli che mi portano a designare la struttura di dna su dati sperimentali tipo NOE.
tale programma si chiama discover.
il problema è questo: c'è un comando che mi permette di avere la planarità delle basi ma io non riesco a capire qual'è perchè il manuale in inglese è poco ortodosso.
Tra l'altro questo è un programma che gira su mac o unix.
vi prego, aiutatemi

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2007 : 20:10:49

Non conosco questo programma, ma ti farei un po' di domande:

- perché lo stai usando? Hai trovato qualche pubblicazione nel quale viene usato? Hai sottomano qualche benchmark o confronto con metodi simili? Hai letto l'articolo nel quale é stato presentato? Di programmi che predicono con buona approssimazione la struttura secondaria del DNA ce ne sono pochi, ti conviene documentarti.
- puoi indicare il sito di riferimento dal quale lo hai scaricato? Probabilmente lo puoi ritrovare lanciando il comando con --help o --version (es. discover --help).
- Hai letto la manpage? Devi digitare 'man discover' da linea di comando.
- Se lo trovi complicato da usare, perchè non mandi un bug report agli sviluppatori? E' loro compito renderlo semplice da utilizzare.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

nuna
Nuovo Arrivato

48 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2007 : 23:13:28

per la struttura- una tggggt- che studio discover abbinato ad insight è il programma migliore.
purtroppo ogni consulto, ogni dubbio che ho non posso esprimerlo al produttore perchè il servizio è a pagamento...
chi fa calcoli come me potrebbe avere la chiave..
grazie comunque