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Crick82
Utente Junior
139 Messaggi |
 Inserito il - 09 maggio 2007 : 15:25:08
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Ragazzi ho bisogno di una vostra mano, come si fa a vedere in dettaglio quali sono gli esoni di un determinato gene?
Qual è il programma?
Ricordo che era genome browser, però dove aver trovato la giusta posizione del gene sul cromosoma, in che modo posso vedere quali sono gli esoni di quel gene e come vengono denominati? Infatti ricordo che talvolta viene data una sigla agli esoni per poi distinguere i diversi trascritti che si ottengono dallo splicing alternativo di un trascritto maturo.
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
 Inserito il - 09 maggio 2007 : 15:44:02
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Hai provato sul sito di ucsc http://genome.ucsc.edu/ fai la query su genome browser, non è necessaria la posizione sul cromosoma, basta il nome del gene e poi cliccare su refseq, ti da una serie di notizie sul gene e poi il link alla suddivisione in esoni
o su genecards http://www.genecards.org/index.shtml
se hai bisogno di altro fammi sapere Chica |
Io non sono cattiva...è che mi disegnano così...
-Jessica Rabbit- |
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Crick82
Utente Junior
139 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2007 : 16:02:43
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Ricordo che che c'è un link che permette, incollata la sequenza di un determinato gene, di scoprire i vari esoni del gene.
Ho provato con i link che mi hai collegato, ma non ho ottenuto ciò che volevo. Comunque grazie.
Se mi potete dare una mano, non esitate!!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2007 : 16:14:45
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Prova questo:
- http://www.fast-db.com/fastdb2/frame.html
ho letto un articolo che ne parlava bene (http://www.hubmed.org/search.cgi?q=favourite+splicing+site), ed e' ottimizzato per essere accessibile a chi lavora in laboratorio (per esempio puoi calcolare delle PCR in silico direttamente, etc..).
Ricorda che esistono diversi gradi di annotazione per lo splicing alternativo di un gene: gli eventi caratterizzati sperimentalmente sono minori di quelli predetti tramite algoritmi, e di questi ne esistono molti differenti, tra l'altro (il buono del browser di ucsc e' che ti permette di confrontare le analisi con quasi tutti i programmi migliori attuali). |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Crick82
Utente Junior
139 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2007 : 16:38:13
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Riepologando, io vorrei introdurre il nome del gene e poi vorrei che il programma mi fornisse il pre-mRNA, il o i trascritti maturi e le proteine codificate, facendomi vedere le differenze tra i diversi trascritti. In questo modo dal confronto DNA-trascritti, potrei ricavare i vari esoni presenti nel gene, sia costitutivi che alternativi.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 maggio 2007 : 19:16:59
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Ho capito ma prima di fare una ricerca del genere ti dovresti chiedere 'e il database dove le prende queste annotazioni?'.
Non credo che esista un gene per il quale si possa dire che 'si conoscono tutte le possibili varianti di splicing alternativo', perche' questo vorrebbe dire studiarne l'espressione in tutti i possibili tessuti e stadi dello sviluppo, con tecniche che non abbiano grossi margini di errori e falsi positivi.
Quindi quello che chiedi tu non esiste... ti devi fare un'idea della precisione e del grado di accuratezza che ti interessa, e qualsiasi cosa trovi non potrai mai dire che non esistono altre isoforme di splicing oltre a quelle annotate.
Dovresti sapere se ti sta bene avere delle predizione basate su ESTs o su metodi computazionali o su microarray o su qualcos'altro: e' questo il senso di tutte le opzioni che vedi sul genome browser di ucsc e su altri.
In ogni caso, detto questo i due servizi che ti abbiamo linkato permettono di ottenere con buona precisione quello che chiedi... al massimo, puoi cercare su ensembl (http://www.ensembl.org), che dovrebbe avere un'annotazione meglio curata, o su NCBI-Gene, ma se fai una verifica, vedi che spesso i dati fra i due database sono diversi.
Scegli il (o anche piu' di uno) database o server con cui ti trovi meglio, l'unica cosa importante e' che poi lo indichi chiaramente nei Materiali e Metodi quando scrivi l'articolo. |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2007 : 08:53:26
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Quoto con dallolio...
cmq su genecards ti da lo schema degli splicing...
poi vedi tu... |
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-Jessica Rabbit- |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2007 : 11:26:15
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Citazione:
Prova questo:
- http://www.fast-db.com/fastdb2/frame.html
Carino il sito dallolio...optrebbe essermi MOOOLto utile |
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-Jessica Rabbit- |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2007 : 12:48:19
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L'ho trovato leggendo l'articolo che ho postato sopra, ne parlavano bene (anche se io non ne avevo mai sentito parlare prima).
Cmq di database sullo splicing alternativo ne esistono almeno una ventina! Una volta avevo provato a organizzarli in un wiki (forse piu' tardi li potrei organizzare sul mio account di connotea o citeulike).
Ce ne sono anche molti che sono abbandonati e che non vengono piu' aggiornati.
hasta luego! |
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Biochica
Utente Junior
285 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2007 : 14:07:40
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| Per la verità il sito l'ho guardato per qllo che riguarda il mio lavoro...gli splicong sono un problema relativo per quanto mi riguarda... |
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-Jessica Rabbit- |
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Crick82
Utente Junior
139 Messaggi |
Inserito il - 13 maggio 2007 : 04:20:45
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Ragazzi, ho visto meglio i siti che mi avete indicato, sono davvero molto interessanti.
Grazie mille. |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 13 maggio 2007 : 17:29:50
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| Vi ringrazio anch'io perché i vostri link sono davvero utili. |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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Struttura gene
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