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martinastra
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
 Inserito il - 12 luglio 2007 : 19:45:23
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sono iscritta alla facolta di farmacia di catania e sto studiando una materia che tratta della progettazione dei farmaci al computer solo che il prof è un po incapace a farsi capire per cui volevo alcuni chiaraimenti su allineamento (alignment) di molecole, lui dice che ci sono metodi mauali e automatizzati, a quello manuale ci sono arrivata ma a quelli automatizzati non ho idea sapeti dirmi qualcosa che non sia in inglese. grazie
ps: va bene così? l'oggetto è proprio la domanda che fa il mio professore a cui vorrei una risposta
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 12 luglio 2007 : 19:50:04
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ok va benissimo: ho bloccato l'altra discussione.
Se non ti risponde nessuno entro un certo tempo ti rispondo io, adesso sono troppo stanco  |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
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martinastra
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
 Inserito il - 13 luglio 2007 : 17:02:26
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praticamente un esempio si allineamento o sovrapposizione di molecole io ce l'ho nella CoMFA.
il mio prof in un compito di esame chiede i metodi di aligment e io so che ne ho uno MANUALE ( feet/feet ) dove se non mi sbaglio si scelgonpo delle coppie di atomi delle molecole A e B da andare a sovrapporre.Una molecola viene mantenuta fissa e l'altra invece si muove per minimizzare la somma del qudrato della distanza tra gli atomi (RMS) perche piu piccolo è il valore di RMS maggiore sara il fit e migliore la sovrapposizione; devo dare anche dei punti di ancoraggio di riferimento per permettere alla molecola B di sovrapporsi alla molecola A; poi fa l'esempio dei centroidi. il mio prof. poi parla di metodi automatizzati basati sulle aree di interazionema non so , parla anche si puo utilizzare il momento dipolo, purtroppo il mio prof non è in grado di insegnare perche non fa capire niente!!!!! |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 14 luglio 2007 : 12:09:40
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Onestamente non riesco a capire bene dove stia la differenza tra superposizioni manuali e superposizioni automatizzate.
Per quanto riguarda i punti di ancoraggio, essi possono essere scelti con diversi criteri: possono essere i centroidi, i centri di massa di gruppi funzionali, i centri dei vari momenti di dipolo, le coordinate atomiche... dipende dai casi...
Se usi un metodo che contempli pure le aree di interazione con la proteina target dovresti conoscere prima quali sono le modalità di binding del ligando, magari potrebbe tornare utile realizzare qualche superficie del sito di binding (elettrostatica e/o di solvatazione ad es.).
Ad ogni modo ti mando in allegato il tutorial di un programma di docking che ho usato, in cui si parla di allineamento flessibile di piccole molecole
Allegato:  flexible.zip
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martinastra
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 15 luglio 2007 : 22:06:42
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grazie, ma è impossibile trovare qualcosa in italiano vero? perche per l'inglese purtroppo è un po sconosciuto.
Cmq il problema purtroppo sta nel mio prof che non sa spiegare e non si sa mai cosa vuole sapere con chiarezza. purtroppo ho l'esame questa settimana è devo studiare come una pazza!!!!!
lo odio gia è la seconda volta che mi manda a l'esame senza motivo
cmq scusa per lo sfogo
grazie per l'aiuto
martina  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2007 : 09:39:18
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ugh... in italian sara' un po' difficile. Cerco.. intanto tu prova a consultare i wiki che ci sono qua.
In bocca al lupo in tutti i casi.... |
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martinastra
Nuovo Arrivato
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Inserito il - 16 luglio 2007 : 09:57:43
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ma sai dirmi qualcosa su query geometrica e query creativa?
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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martinastra
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Inserito il - 16 luglio 2007 : 10:24:35
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grazie, ma non trovo query....
il mio prof in un compito di esame ha messo " la differenza tra query creativa e query geometrica" cosa devo rispondere.
lui mi ha detto che quella geometrica è piu antica, che la query creativa è anche chiamata "schep query" (non so come si scrive in inglese ho scritto come la pronuncia lui), in questa metto dei costrein conformazionali basandomi su un ligando se non ho la struttura del recettore o basandomi struttura cristallina del recettore mettendo queste info in piu si chiama creativa. quella geometrica??? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 16 luglio 2007 : 11:39:20
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Citazione:
Messaggio inserito da martinastra
grazie, ma non trovo query....
il mio prof in un compito di esame ha messo " la differenza tra query creativa e query geometrica" cosa devo rispondere.
lui mi ha detto che quella geometrica è piu antica, che la query creativa è anche chiamata "schep query" (non so come si scrive in inglese ho scritto come la pronuncia lui), in questa metto dei costrein conformazionali basandomi su un ligando se non ho la struttura del recettore o basandomi struttura cristallina del recettore mettendo queste info in piu si chiama creativa. quella geometrica???
Andando cosi a naso (quindi non prenderlo per oro colato) penso che la query geometrica possa consistere nel costruire due superfici che rappresentino l'accessibilita' al solvente su ligando e sito di binding. A questo punto si potrebbe fare un fitting tra queste due superfici e vedere come si incastrano...
Le superfici in genere si costruiscono con i diagrammi di Voronoi. Io ti giro il PDF ma credo che vada oltre i tuoi interessi...
Allegato: cap5.pdf
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metodi di aligment (allineamento) tra molecole
Guide tools online
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