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Alessia
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
59 Messaggi |
 Inserito il - 15 febbraio 2005 : 18:05:24
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"l'RNA U2 è coinvolto in interazioni con RNA e proteine durante lo splicing. descrivere una strategia sperimentale in grado di far luce sul suo ruolo funzionale."
questa è un problema dell'esame di biologia molecolare dell'RNA che ho prossimamente. cosa mi consigliereste di scrivere. il prof. non vuole le metodiche di laboratorio, ma un percorso logico a cui aggagiare varie tecniche che possano dimostrare le interazioni RNA-RNA , RNA-proteina, proteina-proteina. grazie a tutti ciao
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
170 Messaggi |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 25 febbraio 2005 : 20:44:35
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L'RNA U2 è uno snRNA (small nuclear RNA) ed è un RNA con attività catalitica che permette lo splicing degli mRNA, permettendo di togliere gli introni. Molti mRNA hanno già attività catalitica di per sè, ma pare che cmq gli snRNA siano sempre implicati nello splicing.
Per quanto riguarda l'approccio allo studio di questo RNA... si potrebbe pensare di bloccarlo con delle tecniche di interference, anche se il fatto che stia nel nucleo comporterebbe molti problemi.
Si potrebbe in qualche modo isolare e in vitro testarne l'attività su diversi mRNA maturi e non.
Per quanto riguarda le proteine coinvolte anche in quel caso i test in vitro sarebbero ottimi. Si potrebbe pensare di valutare l'attività in presenza o in assenza delle varie proteine e poi magari fare degli snRNA sintetici mutati rispetto a U2 x valutare che l'attività sia data proprio dall'RNA e non dalla proteina.
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 26 febbraio 2005 : 00:39:57
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madò,
bella domanda!
forse con una CHIP?
butto giù con un immuno precipitazione e vedo a ke sequenza si lega, ammesso ke l'mrna resista (dubito),
però potrei vedere quali altre proteine interagiskono,
ma avrei bisogno dell'anticorpo...
o magari cerkare di ricavare la sequenza dell'U2 x cerkare di capire dov'è ke va a parare...e ke struttura secondaria ha...
bah
delirio notturno
ma quant'è odiosa sta parte. |
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
Città: Padova
170 Messaggi |
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Alessia
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: Roma
59 Messaggi |
Inserito il - 27 febbraio 2005 : 15:11:02
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tutti gli snoRNA implicati nello splicing sono denominati con U (u1,u2,u4,u5,u6) mi sa che c'è un motivo con non lo ricordo e in particolare questo di chiama u2 perchè è il secondo snoRNA ed entrare nel meccaniscmo di splicing (ad essere precisi il terzo perchè prima entra u1 che si posizione sul sito di splicing 5' dell'introne, poi entra u2af che un fattore di splicing che si lega ad un tratto di pirimidine a valle del sito di ramificazione, poi altre proteine e poi entra u2 che si posiziona sul sito di ramificazione in cui poi si formerà il cappio dell'introne). sapendo quindi tutto il processo di splicing i fattori (che non è solo questo che ho descritto), le proteine, e gli snoRNA che vi sono implicati bisogna descrivere una strategia sperimentale in grado appunto di dimostrare l'implicazone di u2 nel processo di splicing quindi dimostrare le interazioni di u2 con proteine altri snoRNA ECC....
qualcuno mi sa dire qualcosa sulle proteine SM e SR. grazie ciao a tutti |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 febbraio 2005 : 22:24:42
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La risposta è... che sicuramente è qualcosa che ha detto il professore! :)
Io proverei con delle mutazioni: devi selezionare un bel marcatore, ad esempio potresti mettere un introne nel gene di lacZ, poi dovresti mutagenizzare a saturazione delle colonie di lievito, sul gene per U2. In questo modo, puoi facilmente vedere se esistono mutazioni sul gene U2 in grado di annullare la capacità di splicing della cellula (le cellule normali sarebbero di colore azzurro, quelle incapaci di splicing senza colore). Prima però bisognerebbe essere sicuri di avere un ceppo con una sola copia di U2, altrimenti non puoi fare la mutagenesi a saturaz...
Dopodichè, per dimostrare le interazioni con proteine ed altri snoRNA, io farei una semplice cromatografia per ogni mutazione che impedisce lo splicing (puoi usare il gene sano come controllo). Per dimostrare le interazioni ci sono tanti sistemi, però non me ne vengono in mente molti adesso!! :) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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descrivere una strategia sperimentale
Didattica
