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dallolio_gm
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Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 02 agosto 2007 : 20:13:05
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Vediamo se ho capito bene:
- tu hai una sequenza e vuoi sapere se all'interno di essa vi siano sequenze palindromiche o ripetute o invertite.
Il metodo piú semplice consiste nell'allineare la sequenza contro se stessa e osservare il suo dotplot.
Prova a guardare gli esempi illustrati qui:
- http://www.clcbio.com/index.php?id=477
come vedi, quando una sequenza viene allineata con una seq. uguale, si forma una diagonale completamente diritta; quando ci sono delle inversioni, ci sono delle diagonali (o una croce) che si interrompono e corrono in direzione opposta (http://www.clcbio.com/scienceimages/dotplot_inversion.png).
Di programmi per calcolare il dotplot ve ne sono tanti, puoi provare emboss via interfaccia web (per esempio http://embossgui.sourceforge.net/demo/), peró se ci dici che sistema operativo usi e se hai pratica con comandi da shell ti possiamo aiutare meglio. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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