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CRISTIAN
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
 Inserito il - 03 agosto 2007 : 15:26:21
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Ciao a tutti, non me ne intendo molto di strutture tridimensionali e proteine in genere ma vorrei un aiuto se possibile.. Ho prodotto tre proteine ricombinanti in batteri che differiscono una dall'altra solamente per alcune mutazioni puntiformi. Qualcuno saprebbe dirmi come posso capire se una isoforma è più stabile dell'altra? Perchè in una ho grosse difficoltà a produrre la proteina(prodotta in batteri, vettore di clonaggio Pet21a).
Vi allego le tre sequenze:
Grazie infinite
Allegato:  lista mutazioni proteina.doc
21,49 KB
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2007 : 16:50:29
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Di che proteina si tratta?
Ho provato a fare una blastata contro il Protein Data Bank e sono depositate parecchie strutture (anche mutanti)...
Se ho un po' di tempo ci lavoro su... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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CRISTIAN
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2007 : 17:29:12
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| La proteina si chiama SCCA (Accession number GenBank™ U19556). la mutazione è glicina-alanina, molto semplice ma posta esattamente nel sito attivo(responsabile della funzione catalitica della proteina), se mi puoi aiutare ti ringrazio infinitamente e se riesci a trovare qualcosa di interessante il nome nel lavoro di questa proteina è assicurato |
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CRISTIAN
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2007 : 09:47:46
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| Ma pensi sia possibile mettere una query su PDB? Potrebbero rispondermi? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2007 : 11:51:16
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Citazione:
Messaggio inserito da CRISTIAN
Ma pensi sia possibile mettere una query su PDB? Potrebbero rispondermi?
Credo sia d'obbligo mettere una query su PDB; in qualsiasi modo si voglia fare un lavoro di modelling c'è sempre bisogno almeno di un templato che abbia una struttura 3D definita. Questo è il mio parere, dal momento che i metodi ab-initio sono molto lontani, per il momento, dall'applicabilità effettiva (con questo non voglio dire che bisogna prendere per oro colato i risultati ottenuto da homology modeling o da threading).
Per il momento ho dato in pasto la sequenza wild-type ad un metaserver (http://meta.bioinfo.pl/) e i primi risultati li puoi trovare qui (il job l'ho chiamato SCCA). Mi è tornata pure una mail con un output preliminare in cui si riportavano testuali parole:
We found that there is a structure in the PDB
database that is very similar to your query:
Query region: 1-331
PDB entry 1hle chain A,, region: 2-322
Blast expect value: 3e-84
Per il momento c'è questo. Domani parto e tornero' a fine agosto  . Ci risentiamo piu' avanti... buone vacanze  |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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CRISTIAN
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
 Inserito il - 06 agosto 2007 : 18:57:47
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GRAZIE MILLE INTANTO..
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