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catta171180
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 10 settembre 2007 : 12:23:45

Ciao, sono nuova del forum ma avrei bisogno urgentemente di un informazione...qualcuno sa se i primers della real time PCR vanno bene anche per la RT-PCR semiquantitativa?
Grazie

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 10 settembre 2007 : 12:58:15

Generalmente s�, ma l'unico modo per esserne certi � provarli! :)

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Neuroscience
Utente

659 Messaggi

Inserito il - 16 settembre 2007 : 18:37:39

gi� provare � l'unico modo per esserne relativamente certi...

Il problema principale � la differenza di temperatura a cui funziona la Taq della Real Time e la Taq normale per PCR, ci potrebbero essere dei problemi nel caso i primers non sono proprio perfetti... aggiungere la fase di annealing, modificare i tempi e le condizioni potrebbero non farti uscire una buona PCR

C'� da dire, inoltre, che se il tuo amplificato Real Time � dell'ordine di 100 bp � un po' rompiscatole vederlo su gel con la PCR classica, meglio evitare.
Alcune Raeal Time invece usano ampliconi lunghi anche 600 bp e sono meno efficienti, in quel caso i primers potrebbero essere ottimali se trovi un buon protocollo di PCR classica

ma se vuoi un consiglio... se li hai gi� questi primers bene, ma se li devi ordinare per usare dei primers presenti in letteratura che per� sono stati usati solo per Real Time ti converrebbe farteli daccapo da solo, dato che il successo della PCR � un'incognita � meglio che ti scegli le condizioni migliori per quello che devi fare

adattare i primers della Real Time alla PCR classica potrebbe essere un compromesso che non d� buoni frutti.