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kiki
Nuovo Arrivato

97 Messaggi

Inserito il - 11 settembre 2007 : 00:15:37

Ciao a tutti! Qualcuno per caso conosce il programma statistico PHASE? sto cercando informazioni perch� devo usarlo per capire se alcuni SNP sono in linkage disequilibrium ma dai risultati (output) nn ho capito come si fa a vedere se lo sono o meno.
Non riesco a capire come funziona questo programma e su che principio si basa.. non sono riuscita a reperire informazioni che spieghino in modo chiaro e semplice come funziona
in rete ho trovato solo le istruzioni del programma e i link degli articoli ad esso correlati.
Qualcuno mi pu� dare una mano?

Grazie mille!

cge
Nuovo Arrivato

Citt�: Roma

105 Messaggi

Inserito il - 13 settembre 2007 : 10:55:43

Il programma PHASE (esiste anche la versione aggiornata fastPHASE) penso non ti permetta di calcolare il Linkage Disequilibrium, ma solo di stimare le frequenze aplotipiche con l'algoritmo EM nel caso in cui la fase gametica sia sconosciuta. ho provato a controllare nel manuale del programma e in effetti non parla di linkage disequilibrium.
Per il calcolo del Linkage disequilibrium puoi utilizzare programmi come Arlequin 3.0, Multilocus 1.3 (che ti permette di effettuare anche un calcolo complessivo e non solo tra coppie di polimorfismi), o Aploview. Sono tutti scaricabili liberamente.
S.