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Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Cittā: Torino
89 Messaggi |
 Inserito il - 25 settembre 2007 : 10:01:26
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Ciau,
ho googlato in lungo ed in largo ma su queste cose una testimonianza diretta e` sempre meglio.
Devo tirare fuori da un tot di coppie di parole dei consensus, preferibilmente iupac (trattandosi di risultati di un clustering gerarchico poi il consensus tirato fuori andrebbe in teoria confrontato con altre parole/consensus).
Morale: conoscete un tool rapido e comodo (e magari configurabile - nel senso che permetta di cambiare il numeri di mismatch/shift ammessi) che date due seq di dna e/o iupac ne tiri fuori un consensus?
[si`, vero: posso scrivere un accrocchio io e con solo shift l'ho gia` fatto, ma cercavo di ergermi sulle spalle di altri giganti :) ]
Grassie,
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http://www.medito.eu.org/vodka/odierno |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2007 : 17:01:20
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Ma quindi se ho capito tu hai un elenco di coppie di sequenze:
('AACCG', 'ACCAA')
('AAAAA', 'AAAAG')
('GGGGGGG', 'GGGGAGA')
E per ogni coppia vorresti una seq consenso:
('AACCG', 'ACCAA') -> 'AmCmr'
('AAAAA', 'AAAAG') -> 'AAAAr'
('GGGGGGG', 'GGGGAGA') -> boh
Se le sequenze di ogni coppia sono della stessa lunghezza, io una cosa del genere la sto facendo con TAMO (http://fraenkel.mit.edu/TAMO/TAMO_tutorial.html), che e' una libreria in python, abbastanza semplice da utilizzare..
Se le seq. sono di lunghezza differente, dovresti usare qualcosa come MEME... non ho molta esperienza in queste cose.
Ma nei vari BioPerl/CPAN/Bio*, non c'e' niente? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Nuovo Arrivato
Prov.: Torino
Cittā: Torino
89 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2007 : 18:11:53
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Ti ringrazio per TAMO, ci daro` un occhio; cmq no, arrivo ad avere parole di lunghezza diversa.
Guardero` i vari BioPerl, che non ho mai usato per queste cose...[ammetto di aver cercato pigramente li` chiedendo prima qui, mi autolarto :) ] |
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