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Enrico
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 24 maggio 2005 : 18:05:09
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Sondaggio:
Ciao a tutti ragazzi, sono un dottorando dell'uni di Bologna. Mi occupo da poco di bioinformatica evorrei sapere se c'è qualcuno che sa utilizzare il pacchetto Phylip per costruire gli alberi filogenetici. Da solo non ci salto fuori.
Grazie
Enrico  
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 24 maggio 2005 : 19:33:42
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Ehm... in effetti non lo uso/conosco..
Ho visto che qui c'è una guida [.pdf], FAQ ed ancora una documentazione |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 24 maggio 2005 : 22:06:10
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io l'ho usato per un esercitazione,
ma ora non ricordo nulla ovviamente, e non riesco a reperirne le slides al momento...
se non ricordo male l'esercitazione era presa da "Bioinformatics for dummies", testo che da quel che ne so non si reperisce facilmente in italia, tanto ke la prof ci aveva fornito degli "scans" del libro... cerkerò!
ah: Ciao! |
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Enrico
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 26 maggio 2005 : 16:33:10
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Grazie ragazzi, se avetete altro da suggerirmi fatelo, perchè la mia prof. mi ha dato una settimana per imparare a fare gli alberi filogenetici e io non ne so mezza.
Ciao    |
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paola
Nuovo Arrivato
Città: genova
2 Messaggi |
Inserito il - 11 luglio 2005 : 09:15:40
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Ciao, ho usato il pacchetto phylip durante un corso 2 anni fa..... lo usammo per l'interpretazione di risultati RFLP.
Tutto quel che mi ricordo è che devi creare una matrice con i risultati (attribuendo 1 alla presenza dei marcatori e 0 all'assenza) quindi salvarlo in file text ed inserirlo nel programma scegliendo le varie opzioni che ti dà.
Tutto questo ti può essere utile o già lo sapevi?
Se credi cerco di recuperare degli appunti...ma mi serve un po' di tempo
Buon lavoro
Paola |
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alexubs
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
Città: brescia
4 Messaggi |
Inserito il - 19 luglio 2005 : 11:48:14
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| Ciao vorrei dirti che pure io son nella tua stessa situazione, devo usare phylip per costruire l'alberogenetico di un virus..........cosi mi è stato detto, ma dopo aver scaricato il programma ed averlo guardato un pò son bloccato all'inizio.Il programma mi dice di inserire il nome del file da aprire e io non sò che fare................ho capito che bisogna costruire il file formato txt ma volevo chiedere se qualcuno sa se posso trovarne uno già fatto in una bancadati biologica ? grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 luglio 2005 : 18:44:51
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Per il formato non ti so aiutare, pero' aggiungo questi tutorial:
http://www.cbi.pku.edu.cn/Doc/links/phylo.html |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 19 luglio 2005 : 20:41:10
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sono riuscito a recuperare l'esercitazione tratta da BioInformatics for dummies,
secondo me è fatta abbastanza bene,
cioè ci son riucisto io!!!!!
Anche se magari nel frattempo i programmi saran un pò cambiati, boh, spero cmq vi possa essere utile.<
Inoltre parte proprio del recupero delle sequenze in formato .txt
l'ho caricato su yousendit, lo scaricate qui:
http://s6.yousendit.com/d.aspx?id=2ZK5CC6QICX8P26TYA8A1DJR8C
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