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Dunkelheit
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 18 ottobre 2007 : 19:32:35
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Salve a tutti,
sono un informatico, e sto facendo uno stage sulla creazione di un programma, che calcoli l'idropaticità di piu sequenze e la visualizzazione dell albero filogenetico.
Ora per l'idropaticità non ho problemi (l'ho gia implementato)
ma per quanto riguarda l'albero filogenetico ho visto che esiste una tabella chiamata PAM. Volevo sapere se esiste un altro modo per creare l'albero senza aver bisogno della tabella PAM.
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2007 : 01:09:27
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Ciao, probabilmente se lo trovi potresti diventare molto famoso 
Visto che stai considerando delle sequenze, credo senza ulteriori informazioni aggiuntive esterne riguardo ad esse, si presume che tu debba estrapolare ogni informazione basandoti solo sulle tue stringhe di più caratteri.
Se vuoi realizzare un albero filogenetico, devi per forza di cose estrapolare da questo grezzo insieme di simboli il concetto di evoluzione, o meglio ancora...di distanza evolutiva.
Senza conoscenze a priori e senza conoscenze biologiche, se hai 2 sequenze: AAA e ABA....come fai a definire da quale delle 2 deriva l'altra?
Le matrici PAM cercano di rispondere a sta cosa, racchiudendo le probabilità di sostituzione tra tutti e 20 i simboli (gli amminoacidi), oltre che le probabilità che un simbolo scompaia (delezione), e sono state generate a posteriori, dopo un'osservazione diretta di cosa è successo effettivamente.
Quindi se vuoi creare un albero filogenetico, credo siano proprio indispensabili tali matrici di punteggio.
Poi di metodi per fare l'albero ce ne sono molti....vedi ad esempio qua: alberi filogenetici |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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Dunkelheit
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 19 ottobre 2007 : 11:37:12
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| Ra1D ti ringrazio infinitamente per la tua risposta, ora vedo come implementare l'algotitmo. |
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Problema Albero filogenetico
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