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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
 Inserito il - 19 ottobre 2007 : 08:40:10
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Salve a tutti!
Mi si stanno ponendo vari problemi:
1) se voglio confrontare l'effetto di 2 farmaci ma i dati provengono da 2 esperimenti diversi (nel mio caso 2 piastre) come mi posso muovere?
2) se voglio fare una analisi statistica di dati ottenuti quantificando delle bande di uno zimogramma con apposito programma che ne definisce l'area e i piexels come faccio, cioè: si può fare con che test? parametrico, non parametrico...(aiuto ci capisco proprio poco!)?
grazie a chi riesce a risolvere questi dilemmi!
Dato che ci sono faccio un'altra richiesta: qualcuno mi sa consigliare un testo di "statistica per biologi" o un sito da consultare ( a parte questo!)così magari poi ne capisco di più!Dato che mi mancano proprio le basi!
grazie grazie!
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2007 : 20:53:36
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Ciao,
per la prima questione,
si tratta di adattare un modello ad effetti misti in cui figura come fattore ad effetto random la piastra.
la seconda questione non l'ho capita bene... ma cmq non dovrebbe essere un problema analizzare i risultati che ti restituisce il programma..
la scelta tra un test parametrico o non parametrico dipende dall'analisi degli errori del modello che adatti per analizzare i dati...
l'analisi statistica dei dati però prevede una conoscenza non episodica della materia, non si tratta di usare o meno un test... se ti serve per una tesi, ti consiglio di farti aiutare da chi è in grado di farla e cosi non perdi tempo a studiare la statistica...se invece si tratta di attività lavorativa e prevedi un uso importante della statistica ( ma non riesco adf immaginare come non possa esserlo nel campèo della biologia) allora devi investire tempo per studiare la materia... più che comprare un libro ti consiglio questo che ti insegna a usare il software R per l'analisi dei dati in biologia... è molto completo ed è soprattutto free ( è in inglese)
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Seefeld_StatsRBio.pdf
PS: per i tuoi dati prova a metterli online e a spiegare il problema vediamo se ce la caviamo con poco.
TMax
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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2007 : 14:42:01
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Ciao,
intanto grazie!
Dunque andando con ordine:
1) i miei dati sono:
C1 0,522+- 0,048
T1 0,654+-0,037
T2 0,568 +-0,025
T3 0,111+-0,01
Ca 0,756+-0,042
Ta1 0,456+-0,015
Ta2 0,513+-0,001
queste sono le medie +- ES delle densità ottiche che ho ottenuto dallo stesso tipo di esperimento (migrazione cell) fatto in 2 momenti diversi, e vorrei sapere se posso ad esempio verificare se tra T2 e Ta1 c'è una differenza statisticamente significativa.
2)
C 22,99+-2,67
T1 13,188+- 0,116
T3 13,598+- 1,362
questi dati derivano da una zimografia in cui ho caricato i campioni in triplicato, poi l'ho scannerizzato e con un programma ho misurati i pixels di ogni banda, del valore dei pixels in triplicato ho poi fatto la media. Vorrei sapere se posso analizzare quest dati con qualche test statistico.In laboratorio usiamo Graph Pad InStat 3.
Spero di essrer ststa più chiara
Grazie!
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2007 : 23:02:17
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ciao,
non mi è molto chiaro il significato dei dati,
cos'è C1 Ca e C2?
mi pare strano che sia un ES, magari lo è matematicamente ma non ha molto senso calcolare l'errore standard in questo caso, a te interssa la variabilità delle tre misure non la precisione della media che hai stimato ( meglio la deviazione standard)
al di là di questo, se per ogni tempo di osservazione hai solo un numero ( media +/- ds ) non ci puoi fare molto...
ma forse non ho capito io i tuoi dati
mi illumini??
TMax |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2007 : 09:04:10
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C1 e Ca sono i controlli (cellule non trattate) dei 2 esperimenti, e sono una media di 3 ripetizioni in una stessa piastra. ES è stato calcolato come DS/radice quadrata del numero delle ripetizioni quindi nel mio caso 3. T sta per trattamento quindi T1 è il trattamento con il composto 1, T 2 con il composto 2, T3 con il composto 3, Ta1 con il composto 4, Ta2 con il composto 5.
Le prove sono state fatte in duplicato ma ho preso in considerazione i risultati di un esperimento rappresentativo.
C2 è C=22,99 appartiene ad un'altro esperimento, quello del quesito 2.
Mi scuso per l'approssimazione e l'ignoranza, ma appena me ne sono accorta ho provato a porre rimedio!
Grazie ancora. |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 24 ottobre 2007 : 14:19:28
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ciao,
allora ho provato a ricostruire il dataset del tuo lavoro, sulla base di quello che mi hai detto.
ti allego il file in excel.
ci sono le seguenti colonne:
1. esperimento/piastra: indica fondamentalmente la piastra ( che poi dovrebbe coincidere con quello che tu hai chiamato esperimento) tu ne hai due
2. trattamento: se ho capito bene tu stai confrontando 4 diversi tipi di trattamento (farmacologico) più un controllo senza trattamento
mi pare di capire che nella prima piastra hai messo il controllo negativo e i primi tre tipi di trattamento, mentre nella seconda piastra hai messo il trattamento 4 e 5 e rimesso un controllo ( se non sbaglio il controllo ti serve per verificare l'avvenuta reazione della piastra ? -giusto)
3. replica: hai scritto di aver fatto due repliche per ogni trattamento ma che brevità hai riportato solo i risultati di una replica.
4. y il valore medio delle tre osservazioni ...dovresti completare il file aggiungendo i risultati della seconda replica.
in questo caso come ti ho già scritto prima calcolare l'ES non serve a niente, potrebbe essere utile usare la DS delle tre osservazione per costruire un modello pesato per l'inverso della varianza... ma è una complicanza che eviterei
se ho ricostruito correttamente il disegno dello studio, hai qualche problema ad analizzare correttamente questi dati.
l'effetto 'piastra' che in questo tipo di studio è in genere 'importante' non puoi controllarlo perchè avresti dovuto costruire lo studio in modo da osservare in ogni singola piastra i risultati di tutti i trattamenti e ripeterlo per un numero abbastanza elevato di piastre. in questo caso sei costretta ad ignorare l'effetto piastra che si farà comunque risentire sulla variabilità del fenomeno che stai osservando.
Prima di tutto ciò però devi chiarire qual'è l'ipotesi che vuoi sottoporre ad analisi statistica, altrimenti non puoi fare nulla.
a presto
TMAx
Allegato:  dati.xls
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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 10:05:25
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Ciao, scusa per il ritardo.
AIUTO, non riesco ad allegare il nuovo file , come si fa?
Ho aggiornato il file che mi hai inviato:
- ho aggiunto i dati della replica dell'esperimento (la media di 3 densità ottiche)
-ho calcolato la deviazione standard,
-sotto la colonna esperimento/piastra ho scritto i numeri in relazione agli esperimenti differenti da cui provengono i dati.
io vorrei riuscire a capire se tra l'effetto del trattamento T2 e T4 ci sono differenze statisticamente significative, nel mio caso se il T4 riduce di più la migrazione (in modo significativo) rispetto al T2.
Ti chiedo anche una verifica della comprensione di quello che mi hai spiegato: in un esperimento nel caso in cui si consideri la media di n valori osservati bisogna inicarla come media +- la D.S. perchè la D.S. indica la variazione delle mie misure, mentre l'errore indica la precisione della misura nel senso quanto lo strumento che uso dà una misura precisa?
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 11:41:15
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ciao, per allegare il file è semplice: sotto la finestra di testo che utilizzi per scrivere il messaggio c'è il link Allega file, cliccaci e segui le istruzioni. IN caso non riuscissi, giramelo sulla mail TMax@simail.it, poi ci penso io a metterlo in condivisione per il forum.
per la questione su DS e ES.
sono entrambe misure di variabilità.
La prima indica la varibilità del campione.
La seconda invece ha un significato inferenziale:
immagina di rifare 1000 volte l'operazione di misurare in 3 pozzetti diversi un determinato parametro e di fare poi la media...
otterai 1000 medie diverse, le cosidette medie campionarie, se poi calcoli la varibilità di queste medie allora avrai la deviazione standard delle medie campionarie meglio conosciuta come errore standard della media.
nel tuo caso ha senso, se proprio vuoi descrivere i tuoi dati, ha senso usare la DS e non l'ES. Perchè non t'interssa sapere qual'è la reale media del parametro che stai misurando nell'ipotetica popolazione di tutti i possibili pozzetti che ipoteticamente possono essere fatti!
a presto
TMax
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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 14:49:09
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Ok grazie! Ricordavo di averlo visto, ma usando la risposta veloce non lo trovavo!
Comunque non sono riuscita ad allegarlo così l'ho inviato via mail.
a presto
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2007 : 22:34:45
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Ciao,
allora come immaginavo il disegno sperimentale non permettte di analizzare correttamente i dati , c'è un forte effetto piastra che non può essere controllato.
ti allegato un grafico che ti mostra il valore mediano di y
tu sei interessata al confronto tra t2 e t4, ma i valori di t2 e t4 sono in piastre diverse e se noti tra piastra e piastra i valori di Y per i diversi trattamenti sono variabili , in particolare la piastra 2 ha valori molto diversi dalle altre piastre.
IN definitiva non si possono anato:
alizzare correttamente i dati a meno di ignorare la presenza delle piastre allora in questo caso otteresti questo risultato:
summary(aov(y~trattamento, data=df))
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
trattamento 5 1.25714 0.25143 1.5612 0.2738
Residuals 8 1.28840 0.16105
in sostanza non ci sono differenze tra i trattamenti...
ma ti ripeto il disegno dello studio è sbagliato..
tutto ciò è vero se ho capito quello che mi hai detto... ma ho qualche dubbio di aver capito tutto...
allego anche il dataset per i lettori del forum
TMax
avresti usando una semplice analisi della varianza questo risult
Allegato: dati.xls
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masi
Nuovo Arrivato
43 Messaggi |
Inserito il - 05 novembre 2007 : 14:56:05
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Ti ringrazio, anche se non ho capito molto dal momento che le mie conoscenze statistiche sono primordiali!
Ho pensato di descriverti meglio la situazione dato che ti sei impegnato tanto!
Inizialmente dovevo testare l'azione di 3 composti (T1, T2, T3), dopo aver fatto alcumi esperimenti si sono aggiunti 2 composti (T4, T5) i dati provengono da 2 piastre diverse principalmente per questo motivo e perchè dovendo fare almeno 3 ripetizioni per ogni trattamento all'interno di una piastra spesso lo spazio non è suff a contenere tutti i composti da testare. Poi valutando somiglianze strutturali e funzionali ho pensato che sarebbe stato interessante valutare se ci sono differenze statisticamente significative date dai trattamenti non solo rispetto al controllo ma anche tra composti.
Quando devo presentare i miei dati (data la variabilità delle densità ottiche che ottengo) li elaboro in modo da mostrarli come variazione % rispetto ai controlli (cioè faccio la media dei valori dei trattamenti diviso la media dei valori dei controlli moltiplico per 100 e sottraggo 100) con la rispettiva deviazione standard (da ora in poi non userò più l'errore dato che credo di aver capito la differenza!)anche la deviazione messa in % cfr i controlli. Pensavo che si potesse semplicemente utilizzare questi valori, per cui i controlli vengono posti a zero e applicarci un test statistico che mi dicesse se ci sono o meno differenze.
Mi sono spiegata meglio?
Ciao! |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2007 : 08:48:41
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si si, ti sei spiegata ed è come avevo capito io.
Purtroppo, da un punto di vista metodologico, il disegno non è impostato correttamente, quindi se ignoriamo il disegno sottostante e lo consideriamo come un disegno randomizzato semplice l'analisi della varianza ci dice che le differenze tra trattamenti non sono significative.
L'assenza di significatività può essere imputabile sicuramente al disegno che non riesce a isolare correttamente le fonti di variabilità e alla ridotta dimensione del campione.
a presto
TMax |
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Dilemma della statistica per biologi
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