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Dunkelheit
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 20 ottobre 2007 : 14:19:38
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Salve a tutti,
Fra gli algoritmi per creare l'albero filogenetico ho visto upgma.
Ora per calcolare la matrice non ho problemi, il punto è, per inserire i valori iniziali dentro la matrice dovrei usare la tabella PAM ??? e se si puo darsi che escano dei valori negativi visto che ci sono anche valori negativi sulla tabella??
P.S. complimenti per il sito, finalmente qualcosa di interessante
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
 Inserito il - 24 ottobre 2007 : 13:05:44
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Ciaoo
prova a buttare un occhio qua
e al supplemento
Il problema oltre al metodo con cui creare l'albero è il metodo per calcolarti un valore di "distanza" tra ogni coppia di sequenze. Infatti con l'upgma poi clusterizzi e generi l'albero, ma ti basi su quel valore di distanza per farlo.
In genere su una coppia di sequenze vai a fare un'allineamento, poi grazie ai valori di una matrice di sostituzione (PAM100, PAM250, BLOSUM60..etc etc) li inserisci nella matrice di punteggio delle tue 2 sequenze e calcoli uno score (= misura di distanza).
Puoi farlo considerando tutta la sequenza, quindi un allineamento globale, in tal caso il punteggio lo trovi nella casella in basso a destra della matrice, e se le due sequenze "si fanno schifo" può anche essere negativo, dipende da che valori avevi nella PAM.
Altra soluzione è un allineamento locale, in cui prendi in considerazione il fatto che il punteggio migliore si possa anche non trovare allineando tutta la sequenza, ma solo le zone più simili, e quindi in generale le matrici di sostituzione vengono normalizzate e i valori negativi non ci sono.
Metto anche un altro link che magari ti può essere utile, che è il sito dell'NCBI, che in genere è il riferimento per ricerce in database e allineamenti di sequenze.
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...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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