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Autore

Discussione

darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2007 : 14:27:17

sapete indicarmi se esiste sul web un tool per l'allineamento di una seq proteica (diciamo umana) contro la stessa proteina in altre specie senza doverla ricercare io stesso, in modo da valutare la conservazione di amminoacidi o pattern di sequenza?
grazie

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 22 ottobre 2007 : 15:44:12

Lo stesso NCBI-blast, dal server:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi?PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on

Seleziona il dataset di nr o di refseq.
Sotto, vedi un form in cui puoi immettere una 'Entrez Query' customizzata per restringere il campo di ricerca.
Puoi usare quella (magari controllando prima i risultati su ncbi) per limitare l'allineamento ai soli ortologhi del tuo gene di interesse.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)