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ivanarubik
Nuovo Arrivato
Cittā: losanna
14 Messaggi |
 Inserito il - 29 ottobre 2007 : 09:46:48
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Ciao, anche questa settimana ho un'altra domanda per voi :)....
partendo da una sequenza nucleotidica posso scoprire se la proteina che ne deriva interagisce con altre proteine di mio interesse??
posso anche scoprire che tipo di interazione c'č?
Grazieeeeeeee MiLLeeeeeeeeee
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Patrizio
Moderatore
Cittā: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2007 : 17:22:12
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| con il saggio del doppio ibrido |
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fpotpot
Utente
Cittā: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2007 : 17:50:43
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| il doppio ibrido pero' usa tecniche di biologia molecolare,se la domanda e' anche a livello teorico non e' di solito il docking modelling o qualcosa del genere che si usa per prevedere in base alla sequenza? |
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ivanarubik
Nuovo Arrivato
Cittā: losanna
14 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2007 : 18:02:11
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ciao,
scusate se non ho ben spiegato: sto facendo un lavoro di tipo teorico quindi mi piacerebbe sapere quali tools sono disponibili a questo scopo....buona serata |
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fpotpot
Utente
Cittā: middleofnowhere
1056 Messaggi |
Inserito il - 29 ottobre 2007 : 18:21:03
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GM!!!!! |
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ivanarubik
Nuovo Arrivato
Cittā: losanna
14 Messaggi |
 Inserito il - 30 ottobre 2007 : 13:34:17
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| gm??? |
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2007 : 15:48:25
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Citazione:
Messaggio inserito da fpotpot
GM!!!!!
ok! :)
Boh io prima di tutto guarderei se c'e' qualche interazione annotata su un database di interazioni proteiche gia' esistente:
- http://www.google.com/search?q=protein+interaction+database
se non conosci il gene a cui appartiene la proteina, si puo' fare un blast per sapere quali sono le piu' vicine.
Poi bisogna leggere la letteratura per scoprire quali sono i predittori di interazioni proteiche piu' affidabili allo stato dell'arte:
- http://www.hubmed.org/search.cgi?q=protein-protein+interaction+prediction+AND+review%5Bptyp%5D
C'e' una specie di competizione internazionale, il CAPRI, che essenzialmente e' come il CASP ma funziona per determinare l'accuratezza dei programmi di interazione tra proteine:
- http://www.proteinscience.org/cgi/content/full/14/2/278?ck=nck
Sinceramente non ne so piu' di tanto in questo campo... pero' immagino che i metodi utilizzati per predirre le interazioni siano gli stessi: la genomica comparativa per sapere se proteine correlate in altri organismi hanno interazioni annotate, l'approccio strutturale per prevedere se vi sono siti in cui l'interazione e' favorevole, etc..
Citazione:
http://prime.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/cgi-bin/PIPS.cgi
si' questo va bene pero' secondo me, partire dalla sequenza nucleotidica direttamente per fare una predizione basata sulla struttura e' un po' azzardato.
O meglio: io mi costruirei almeno un modello a mano utilizzando qualche software piu' conosciuto, cosi' da poter almeno controllare che cosa capisce il predittore quando viene lanciato.
Magari potresti dare un'occhiata al paper di quel tool. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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ivanarubik
Nuovo Arrivato
Cittā: losanna
14 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 08:25:08
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ciao!
forse č meglio che vi spieghi meglio la situazione: vogliamo sapere se un determinato virus codifica proteine in grado di interagire (inibire!) delle elicasi. Su Ncbi ho trovato le sequenze di tutte le proteine del virus, ho iniziato a guardare i dominii di queste proteine alla ricerca di dominii CARD ma niente. Vorrei quindi riuscire a fare uno studio predittivo per capire se a priori ci possano essere delle interazione, cosi' da poter eventualmente fare un esperimento!
Grazie |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2007 : 11:53:17
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Citazione:
forse č meglio che vi spieghi meglio la situazione: vogliamo sapere se un determinato virus codifica proteine in grado di interagire (inibire!) delle elicasi.
e' un lavoro che potrebbe valere da solo una tesi di specialistica per un bioinformatico o un articolo.
La cosa piu' semplice e' allineare la sequenza con blast e vedere se ci sono altre proteine che interagiscono con le elicasi simili in altri organismi.
Peccato che non ci siano domini CARD nelle proteine annotate: pero' magari, si tratta solo di un difetto dell'annotazione, quindi potresti provare a correrle su prosite o pfam e vedere se c'e' qualche match.
Poi, potresti provare a costruirti un modello per la struttura terziaria della proteina: un buon protocollo e' questo: http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html
Pero', se vuoi un lavoro fatto bene, ti conviene rivolgerti ad un laboratorio specializzato in bioinformatica, altrimenti rischi di metterci molto tempo. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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prevedere interazione tra proteine
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