matrici pam e blosum

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Autore

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salji
Nuovo Arrivato

35 Messaggi

Inserito il - 11 giugno 2005 : 12:17:03

Chiedo aiuto...... sul materiale a mia disposizione nn si capisce molto di matrici pam e blosum.. non capisco cosa siano tutti quei valori all'interno della matrice... aiutatemi!!!

anke i grandi sono stati dei bambini ma nn se lo ricordano

sruilk
Nuovo Arrivato

Citt�: Ferrara

14 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2005 : 11:27:24

Non ricordo esattamente come sia il funzionamento, ma i numeri all'interno della matrice dovrebbero essere legati alla probabilit� di sostituzione aminoacidica (mi sembra che pi� il numero � elevato, pi� sia favorita la sostituzione). Non so dirti altro.
Forse potrebbe aiutarti questo link:
http://schubert.bio.uniroma1.it/corsiol/masterbf/lezioni/Bioinfo-allineamento2seq.ppt

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2005 : 10:52:00

Ciao!
io ho delle diapositive di 1 lezione che ho seguito.....per� nn so come mandartele....

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2005 : 19:31:19

(Ufffffffff........)
Hai capito la differenza tra similitudine e identit�? Nel primo caso, si attribuisce un punteggio anche quando i due aminoacidi sono diversi.
Il problema all'inizio era decidere come attribuire questi punteggi. Ad esempio, si era pensat di dividere gli aa in gruppi in base alle loro cratteristiche fisico-chimiche (es. tutti gli aminoacidi idrofoici) in modo da poter dire che una mutaz. tra 2 aa dello stesso gruppo � meno pesante rispetto ad una fra gruppi diversi.

Un approccio migliore per� � quello di imparare dalle proteine stesse: ad esempio nelle matrici di Blosum, gli autori hanno preso un certo numero di sequenze con una certa percentuale di identit� (ad es., 80) e hanno visto in ognuno d questi gruppi quale � la freq. di sost. per ogni aminoacido.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)