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Lorenzo
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 22 giugno 2005 : 08:20:11
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Ciao a tutti,scusate se ancora rompo le scatole con le sequenze,ma volevo chiedervi se qualcuno conosce qualche buon programma per allineare sequenze che sia disponibile(magari anche in versione demo)in rete.Mi spiego meglio:per motivi di studio non posso andare in laboratorio nei prossimi giorni e mi piacerebbe fare qualche analisi da casa,però non posso usare il programma del dipartimento perche gira solo sul Mac e io ho un pc!
Se qualcuno conosce qualche risorsa e mi vuole aiutare ne sarò molto grato!
Ciao a tutti
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2005 : 02:11:49
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io di solito con clustalW vado benissimo, dovrebbe esserci anche clustalX che gira in local... poi dipende da ke ti serve,
su questi sito per la filogenesi trovi alcuni pakketti di allineamento ed editing di sequenze, per lo + gratis e anke per win: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2005 : 17:58:41
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| ps. per inciso clustalW serve per allineamenti multipli (hai tante seq e vuoi trovare come sono in relazione fra di loro) mentre exonerate, Blat, Blast e gli altri per quelli fra coppie di sequenze (anche per trovare la posiz. di una seq. nel genoma, che può essere visto come una unica seq. enorme) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Lorenzo
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2005 : 09:51:54
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Ciao ragazzi,io in pratica devo allineare sequenze(sempre piu di due,anche 4 o 5) e confrontarle con i wild type per cercare mutazioni eterozigoti.Ho curiosato un po nei siti e programmi che mi avete consigliato e l'unico che fa storie è il mio pc che spesso non ne vuole sapere di usare quei programmi.....non c'è niente per un normale PC?
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato
Prov.: Rm
Città: Roma
69 Messaggi |
Inserito il - 24 giugno 2011 : 17:45:56
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Ciao a tutti...anche io vorrei poter allineare più di due sequenze amminoacidiche...ho provato a vedere ClustalW e pur dicendomi che è possibile farlo, non riesco a capire come fare ad inserire le diverse sequenze...c'è solo un riquadro!Come si fa?
Grazie per l'aiuto |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato
Prov.: Rm
Città: Roma
69 Messaggi |
Inserito il - 27 giugno 2011 : 10:16:18
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| Sarò imbranato io...ma l'ho appena fatto e mi dice che sono necessarie 2 sequenze...le ho inserite in formato FASTA lasciando un rigo vuoto...ma niente!!! |
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biologomolecolare84
Nuovo Arrivato
Prov.: Rm
Città: Roma
69 Messaggi |
Inserito il - 28 giugno 2011 : 10:54:53
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Ok...risolto il problema clustalW.
Qualcuno di voi conosce boxshade? Gira solo su linux vero? non c'è qualcosa di simile per windows? in pratica devo fare una cosa del genere (con la mia proteina):
Immagine:
101,6 KB
Grazie per l'aiuto! |
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