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sr82
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
 Inserito il - 19 novembre 2007 : 17:44:37
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Ciao a tutti,
sono uno studente di ingegneria informatica, quindi capirete bene quanto le mie conoscenze di biologia siano limitate.
Vorrei sapere se esiste un modo per recuperare le informazioni sui ponti idrogeno da un file pdd e, se ciò si può fare, come interpretarle.
Vi rigrazio per l'aiuto.
Simo
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 novembre 2007 : 18:35:58
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In teoria identificare i ponti idrogeno in un .pdb e' difficile, perche' in genere la risoluzione dei cristalli disponibile e' troppo alta per includere anche gli atomo di idrogeno, che come puoi verificare facilmente non sono quasi mai inclusi nei files.
Per vedere le interazioni tra due catene proteiche potresti grezzamente selezionare tutti gli atomi che si trovano a meno di 2A di distanza e su catene differenti... pero' dopo queste due perle di saggezza lascio la parola a chi se ne intende di piu' di queste cose, ossia a coloro che lavorano in biochimica strutturale. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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sr82
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 20 novembre 2007 : 08:34:53
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grazie per la dritta...
cmq se qualcuno ha qualche altra idea che sia anche più facile da realizzare per un profano della materia come me...
PS. Dimenticavo di dirvi che mi serve individuare i ponti idrogeno per usarli in un'applicazione che devo realizzare...
Thanks... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 21 novembre 2007 : 18:37:06
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Ti potrei fornire due tracce: una semplice da capire ma meno implementabile, l'altra meno intuitiva ma più facilmente implementanbile.
PRIMA SOLUZIONE
Utilizzare un tool qualsiasi di grafica molecolare (RasMol, PyMol, SwissPDBviewer, MolMol, VMD, ne esistono a iosa) e vedere quale comando permette di visualizzare gli Hbond. In genere questi viewer sono free e spesso offrono pure un interfaccia a riga di comando da cui lanciare pure brevi script, (ad es. in linguaggio Python per quanto riguarda Pymol). Quindi non ti rimane che trovare sui tutorial il comando e poi puoi automatizzare la procedura con un breve script.
SECONDA SOLUZIONE
Richiederebbe pero' un lavoro a quattro mani con un biologo.
I file PDB contengono, oltre ad un fracco di notizie varie ed eventuali pure le coordinate spaziali 3D (quindi tre numeri per gli assi X Y e Z) di ogni singolo atomo che compone la macromolecola in questione. La mia traccia sarebbe quella di selezionare e filtrare solo le coordinate relative agli atomi accettori e donatori di legame idrogeno (in genere ossigeno e azoto, ma per capire chi è accettore e chi è donatore ti servirebbe appunto un biologo o un chimico). Su questa selezione i legami a idrogeno probabili si instaurano tra le coppie di accettore e donatore che si trovano a tra i 2.5 e i 3 Angstrom di distanza. Ora però non ti saprei dire se le coordinate atomiche dei file PDB vengono espresse in nanometri, in angstrom o in che misura...
Ad ogni modo ti giro questo link:
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/ligplot.html
LigPlot è un programma offre una rappresentazione schematica delle interazione molecolari tra ligando e recettore a partire da file PDB. Se cerchi della letteratura inerente a questo programma potresti anche trovare quali criteri e metodi (+ in dettaglio) vengono adottati per individuare legami idrogeno su file PDB |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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sr82
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 22 novembre 2007 : 13:08:52
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le tue idee sembrano ottime vedrò se è riesco ad applicarle...
io nel frattempo stavo procedendo così:
Ho trovato il programma DSSP (http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/) che preso in input un file pdb restituisce un file contenente un sacco di informazioni tra cui quelle relative ai ponti idrogeno.
Ora sto cercando di analizzarle per vedere se riesco a ricavare quello che mi serve.
Ne avete mai sentito parlare? Mi potete dare qualche dritta in più?
Sulla guida ho trovato la descrizione dei campi relativi alle informazioni memorizzate sul file di output solo che per quel che ne capisco sono troppe le colonne che contengono informazioni sui ponti idrogeno... quindi ora l'impresa è capire come interpretare queste informazioni.
Vi allego il file di output del DSSP per l'1okc...
Si accettano consigli...
Grazie a tutti per la collaborazione
Allegato:  1okc.txt
44,36 KB
Allegato: 1okc.txt [.txt]
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 25 novembre 2007 : 16:50:55
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OK benissimo, la via è giusta... ma non completa purtroppo...
DSSP è un programma per l'attribuzione di elementi di struttura secondaria: in pratica solo una parte del legami idrogeno vengono presi in considerazione (quelli strettamente essenziali): non per scoraggiarti, ma è una condizione necessaria ma non sufficiente per descrivere correttamente un network di legami idrogeno.
Se è come credo, DSSP dovrebbe fornire i legami idrogeno che si instaurano solo tra gli atomi del backbone (l'ossatura strutturale della proteina): sul tuo file PDB si tratta di una porzione di H-Bond riguardante SOLO gli atomi contrassegnati dalle voci "ATOM num N ..." e "ATOM num O ..."
Dal tuo file di output sembra che la proteina contenga solo alfa-eliche e qualche turn.
La prima parte del file ti dice a che tipologia di elemento di struttura sono associati gli H-bonds:
3 1.0 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I+2)...
39 13.4 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I+3)...
178 61.0 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I+4)...
4 1.4 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I+5)...
I+2, I+3, ecc. indicano gli amminoacidi partner coinvolti nel legame idrogeno (es. I+2 indica un legame idrogeno tra un amminoacido e quello avanti di due posizioni sulla sequenza amminoacidica)
Le notazioni che sono sotto la voce STRUCTURE sarebbero da tenere in considerazione:
- la prima lettera indica l'elemento di struttura secondaria individuato per l'amminoacido (H, ad es. sta per helix)
- i tre caratteri a seguito della lettera dovrebbero indicare la tipologia del legame idrogeno (nel tuo caso I+2, I+3, I+4 o I+5: dovresti leggere l'articolo di riferimento riguardante la notazione)
Per il resto prova a guardare qui:
http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/descrip.html
Ad ogni modo un programma analogo a DSSP si chiama STRIDE e funziona su questo server:
http://webclu.bio.wzw.tum.de/cgi-bin/stride/stridecgi.py
Mi sembra piu' facilmente interpretabile l'ouput (pure visuale oltre al formato testo)...
Allegato:  stride_output.txt
31,21 KB |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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sr82
Nuovo Arrivato
8 Messaggi |
Inserito il - 27 novembre 2007 : 09:20:36
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grazie mille per l'aiuto....ci provo e poi vi faccio sapere... |
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Ponti Idrogeno in file PDB
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