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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 25 novembre 2007 : 22:11:14
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ciao a tutti, sapete dove posso trovare degli esempi semplici in cui magari ci siano delle spiegazioni per imparare a fare i video con pymol?
grazie
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2007 : 10:07:35
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Purtroppo PyMol non produce filmati. Puoi fare un paio di animazioni, che si possono vedere solo con PyMol.
Al massimo quello che ti viene consentito è di generare una serie di frame in formato PNG della tua animazione... ma poi i singoli frame li devi montare da te con un altro programma (FinalCut se sei proprio smanettone) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2007 : 11:28:07
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Ricordo che sul Wiki è iniziato al pari del Perl una piccola guida per lo sviluppo in Pyton: si potrebbe parlare e raccogliere materiale dell'uso di Pyton nella Bioinformatica, ad esempio.
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2007 : 11:56:33
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rispondendo a korda devo dire che secondo me i filmati si possono fare anche senza usare altri programmi , perchè quando fai un filmato alla fine converti tutto in gif e lo puoi mettere su power point e quello va senza pymol...
io so fare i filmati ad esempio generando 100 frames e poi ogni frame è costituito da un'immagine, ma non penso che sia proprio questo il modo per fare i video su pymol, cioè quando leggo la guida c'è qualcosa che mi sfugge..
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2007 : 14:41:08
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Citazione:
Messaggio inserito da RNA world
rispondendo a korda devo dire che secondo me i filmati si possono fare anche senza usare altri programmi , perchè quando fai un filmato alla fine converti tutto in gif e lo puoi mettere su power point e quello va senza pymol...
Si, prova a fare una GIF animata da 500 frame 1024x768 e dopo dimmi quanto gira fluido il filmato.
Citazione:
io so fare i filmati ad esempio generando 100 frames e poi ogni frame è costituito da un'immagine, ma non penso che sia proprio questo il modo per fare i video su pymol, cioè quando leggo la guida c'è qualcosa che mi sfugge..
A meno che non abbiano inserito un qualche plugin nella nuova versione di PyMol (1.0) fino alla 0.98 i filmati si fanno così, fidati...
Al massimo puoi farti uno script per la generazione dei frame.
Cosa ti sfugge, di particolare? Magari posso darti una mano... |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 26 novembre 2007 : 21:34:44
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io ho la 0.99 come versione ed in effetti ci sono dei plug in... ho provato a fare dei filmati con i comandi mset 1 x30 e poi salvi ogni immagine che selezioni con frame 1 ad esempio, poi lui ti fa partire i frame in sequenza alla velocità che metti tu, es 1 frame/sec.
adesso guardo bene quali sono i miei dubbi e magari poi ti chiedo... grazie !
ciao |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 23 gennaio 2008 : 11:13:26
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ciao a tutti,
scusate l'ignoranza, ma sono da un paio di giorni alle prese con pymol, e se possibile vorrei farvi delle domande..
1)ho capito come si fa una mutazione, ma nn capisco se il programma di mette il residuo già nella conformazione più idonea o mi è possibile ruotare gli angoli di legame?se sì come?
2)c'è un modo per modificare le grandezze delle sfere?per un ponte disolfuro quei due bubboni non sono un bel vedere...
3)già andiamo più nel complesso: per fare la struttura secondaria e l'RMSD ke devo fare?
grazie mille anticipatamente |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 23 gennaio 2008 : 12:16:14
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ciao...
per la rima domanda, penso che tu possa modificare e ruotare i residui a tuo piacimento usando il comando ctrl+tasto sinistro del mouse+ clic.
per la grandezza delle sfere la puoi modificare sia andando su "S" e fai nbspheres, ma secondo me puoi dirgli tu quanto le vuoi grandi, ma adesso mi sfugge.
per altre cose sono sicuro che altri utenti piu esperti ti daranno una mano. |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 23 gennaio 2008 : 15:14:58
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grazie mille per l'aiuto, ma in realtà non funziona..
cioè se uso il comando ctrl+tasto sinistro, mi prende l'atomo in questione ma non fa cmq ruotare i legami...
era così bello "O", sarà vecchio ma almeno come programma era semplice ed efficiente!!!!
Ma esiste online un manuale completo? Quello ke ho trovato io manca di molte cose...
grazie |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 23 gennaio 2008 : 17:06:46
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| si in effetti il manuale on line è estremamente essenziale, ma penso che pymol si davvero un grande programma, il piu' è imparare ad usarlo ....ciao |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2008 : 11:40:48
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OK eccomi...
1 - MUTAGENESI
PyMol offre una serie di rotameri, e li mette in ordine di probabilita' che il residuo assuma quella conformazione. I rotameri possibili li puoi visualizzare utilizzando le freccie ai lati dei tastini "Play" e "Stop".
Inoltre sulla versione 1.0 (non so le altre) PyMol ti mostra i possibili clash e/o interazioni favorevoli per quel rotamero.
2 - DIAMETRO SFERE
Dal menu' Settings scegli la voce Edit All...: ti si aprira' una finestra di dialogo che elenca tutti i parametri di configurazione di PyMol. Cerca la voce sphere_scale. Il valore numerico indica quanto scalare le sfere dai relativi raggi di VdW.
3 - STRUTTURA SECONDARIA
E' possibile vederla bene in modalità "cartoon" (dal tasto S). Si puo' anche colorare la proteina in funzione degli elementi di struttura secondaria (tasto C, e selezionare la voce "by ss").
4 - RMSD
Supponiamo di avere due proteine, prot1 e prot2, e che abbiano lo stesso numero di residui. Condizione ancora piu' ideale è che le due proteine abbiano la stessa numerazione in residui (solo per semplificare l'esempio)
Normalmente la RMSD si fa sul backbone, quindi selezioneremo solo quei tipi atomici:
select backbone, name C+O+N+CA
A questo punto procedi con l'RMSD
rms prot1 & backbone, prot2 & backbone
Con ESC passi dalla modalita' visuale e ti viene presentato il valore di RMSD in A. Se vuoi pure sovrapporre oltre a calcolare l'RMSD usa il comando fit invece di rms |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 24 gennaio 2008 : 15:38:05
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grazie mille,
mi hai aiutato veramente tantissimo!!!!
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