spdb viewer: rmsd

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kudelka
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2007 : 19:40:47

Non mi � molto chiaro, quando eseguo un allineamento strutturale tra due proteine con spdb viewer, in che cosa consiste il valore di rmsd.
qualcuno pu� aiutarmi?

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2007 : 09:59:09

Non so su che cosa tu abbia fatto la superposizione.

Di default pero' la RMSD (Root Mean Square Deviation) si conduce sugli atomi del backbone di una proteina (legami peptidici e carboni alfa).

L'allineamento strutturale consiste nel sovrapporre un set di coordinate atomiche di due molecole o proteine. L'ottimizzazione della sovrapposizione viene condotta con il metodo dei minimi quadrati. L'RMSD non � nient'altro che lo scarto quadratico medio (in genere espresso in Angstrom) delle posizioni degli atomi sovrapposti.

Quando sovrapponi due proteine sugli atomi del backbone - da un punto di vista empirico - un valore buono di RMSD dovrebbe aggirarsi attorno ai 2-3 A (guarda caso la distanza di un legame idrogeno...).

I metodi di allineamento strutturale propriamente detti in realta' sono un po' piu' complessi; la sovrapposizione delle coordinate atomiche viene guidata inizialmente da un allineamento multiplo (ad es. con ClustalW, questo dovrebbe essere il metodo adottato da Expresso, http://www.tcoffee.org/)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

kudelka
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 30 novembre 2007 : 15:03:27

praticamente con spdv viewer ho sovarapposto l'emocianina (subunit� di tipo 2) e la stessa nella forma ossigenata. ho eseguito quindi il magic fit e calcolato il rmsd e il programma mi segnala un valore di 0.98 amstrong. Cosa pu� voler dire?