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teo
Nuovo Arrivato
74 Messaggi |
 Inserito il - 12 gennaio 2008 : 12:57:57
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ciao a tutti, c'è qualcuno che puo' darmi qualche dritta per eseguire questo complesso esercizio?
1. Ottenere dalla banca dati una sequenza di mRNA di interesse.
2. Individuare la struttura del pre-mRNA e la regione genomica in cui la sequenza e’ codificata.
3. Analizzare per confronto le due sequenze: genomico ed mRNA.
4. Analizzare il codon usage della sequenza codificante
5. Analizzare per composizione la sequenza proteica codificata dall’mRNA scelto.
6. Ricercare per confronto in banca dati sequenze nucleotidiche che codifichino per proteine simili a quella in esame (confronto di proteine con nucleotidi) e discutere gli allineamenti più interessanti.
7. Ricercare sequenze simili alla sequenza proteica codificata in sei organismi diversi da quello di partenza. Costruire un allineamento multiplo e discuterne il consenso.
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2008 : 14:52:03
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| ehi, prova a spiegare come risolveresti gli esercizi tu e ti daremo dei buoni consigli. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2008 : 21:32:39
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credo che io e teo dobbiamo sostenere lo stesso esame, perchè devo svolgere esattamente lo stesso esercizio...
Io vorrei in particolare qualche chiarimento sul punto 3.
La mia difficoltà con tutti i punti di questo esercizio è sempre la stessa: non capisco la prof. che vuole .
Dunque. Per il punto 3 io ho interpretato "analizzare per confronto genomico ed mRNA" facendo un dot plot con blast 2 sequences; in questo modo mi è venuto un grafico (bruttino per la verità) in cui si evidenziano le regioni esoniche e dei gap a livello degli introni. In più c'è un allineamento "alla blast" delle regioni allineabili, cioè solo degli esoni.
Vi volevo chiedere innanzitutto se sapete consigliarmi qualche programma più carino per fare il dot plot, e che supporti sequenze molto lunghe (il mio genomico è di 120140 basi).
Volevo inoltre sapere se secondo voi con la semplice operazione che ho svolto ho risposto esaurientemente alla richiesta... Io vorrei fare qualche altra cosa... Non so, tipo una window analysis.. Consigli? |
Nasce, cresce e poi finisce. Per quanto triste è la legge universale.
Ciò che è stato nn tornerà. Il massimo che puoi fare è sperare che quello che sarà, sia meglio.
Nessun rimorso nè rimpianto, è inutile.
Carpe diem: panta rei |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2008 : 13:28:35
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Secondo me va bene come risposta... l'allineamento a coppie ti da' il confronto diretto tra le due sequenze e il dot plot informazioni sulla posizione di introni ed esoni nel trascritto.
Considera che comunque il dotplot si usa più per confrontare una sequenza con sè stessa oppure due sequenze simili, perché in questo modo si possono vedere duplicazioni, inversioni, delezioni e mutazioni estese... queste cose non ha senso cercarle nel confronto tra un mRNA e la regione genomica perché sai già che non ci saranno.
In ogni caso potresti provare con il programma dottup di emboss: ci sono delle http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dottup-simple.html" target="_blank" rel="nofollow">interfaccie web oppure puoi installarlo in locale su un qualsiasi computer Unix compatibile.
Se vuoi un consiglio, inoltre, cerca di curare bene la risposta spiegando con precisione che tipo di allineamento hai fatto: con quale programma e con quale versione, e se si tratta di all. locale o globale.
Io per il confronto tra mRNA e sequenze genomiche ho sempre usato un tool chiamato exonerate (http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/), che ha un modello studiato appositamente chiamato NER, e che gira su sistemi Unix.
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Rosy85
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2008 : 11:10:32
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Innanzitutto ringrazio dallolio per i gentili consigli (anche se a causa della mia inettitudine non ho potuto usufruire in maniera adeguata di alcuni di essi )
Ad ogni modo vi propongo alcuni quesiti sul punto successivo "analizzare per composizione la sequenza proteica codificata dall’mRNA scelto". Allora, ho tradotto la CDS con apposito software (in effetti avevo anche il link della proteina, ad ogni modo non è questo il punto). Ho la mia sequenza proteica e devo analizzarla per composizione. Sto utilizzando il programma sul sito http://www.ebi.ac.uk/emboss/pepinfo/. Tra le impostazioni mi parla di window, di cui posso scegliere l'ampiezza. Solo che non dice nulla dello step, e non capisco poi nel risultato la variazione dell'ampiezza della window cosa mi comporta...
Potreste gentilemente aiutarmi?
I grafici che mi vengono fuori mi sembrano chiari.. Ce ne sono una serie in cui mostra le caratteristiche degli amminoacidi della sequenza (polarità, grandezza, ecc) e poi i tre grafici con il profilo di idrofobicità. E ok, ma mi sfugge come il programma lavora, cioè perchè devo dargli la finestra..
Non so se mi sono spiegata |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 29 gennaio 2008 : 13:07:17
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Citazione:
Tra le impostazioni mi parla di window, di cui posso scegliere l'ampiezza. Solo che non dice nulla dello step, e non capisco poi nel risultato la variazione dell'ampiezza della window cosa mi comporta...
immagina di correre il programma con una widow di 1 aa di ampiezza, ossia come se non utilizzassi il metodo delle finestre.
In questo modo otterresti un istogramma in cui, in ogni posizione della sequenza, ti viene indicato quanto questo é idrofobico o no (o qualsiasi proprietà tu voglia analizzare).
Se ci pensi bene, però, per quello che succede in natura, un istogramma del genere non é molto utile per comprendere le proprietà della proteina che stai studiando.
Infatti, per esempio, potrebbe essere che una tripletta formata da un aa idrofobico circondato da altri 2 aa idrofobici, sia complessivamente più idrofobico di una tripletta formata dallo stesso aa ma circondato da 2 aa non idrofobici.
In pratica, il metodo delle sliding windows ti permette di avere grafici più lineari, nei quali é più semplice vedere se ci sono regioni con caratteristiche simili in una proteina.
Una finestra può essere calcolata in molti modi: con la media degli aa compresi dalla finestra, o dando una maggiore importanza a quello centrale, o con la somma...
In genere più una finestra é piccola, migliore é la risoluzione, ma aumenta anche la possibilità di avere falsi positivi. Usa pure il default di 9 e non ti preoccupare! :)
Citazione:
Allora, ho tradotto la CDS con apposito software (in effetti avevo anche il link della proteina, ad ogni modo non è questo il punto).
Dovresti controllare che la sequenza che hai ottenuto sia la stessa nel database. Infatti, anche in bioinformatica bisogna avere una buona pratica ed effettuare dei controlli sui propri dati, così come si fa in un laboratorio di ricerca normale.
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Rosy85
Utente Junior
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Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:09:08
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
immagina di correre il programma con una widow di 1 aa di ampiezza, ossia come se non utilizzassi il metodo delle finestre.
In questo modo otterresti un istogramma in cui, in ogni posizione della sequenza, ti viene indicato quanto questo é idrofobico o no (o qualsiasi proprietà tu voglia analizzare).
ma a me sembra che gli istogrammi che vengono fuori corrispondono ciascuno ad un amminoacido, non ad un gruppo, infatti i dati che ci sono alla fine della pagina, su cui credo siano stati costruiti i grafici, assegnano valore 0 o 1 ad ogni amminoacido...Se posso posto l'immagine così forse mi spiego meglio.
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Dovresti controllare che la sequenza che hai ottenuto sia la stessa nel database. Infatti, anche in bioinformatica bisogna avere una buona pratica ed effettuare dei controlli sui propri dati, così come si fa in un laboratorio di ricerca normale.
fatto  |
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dallolio_gm
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Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:27:23
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Citazione:
ma a me sembra che gli istogrammi che vengono fuori corrispondono ciascuno ad un amminoacido, non ad un gruppo, infatti i dati che ci sono alla fine della pagina, su cui credo siano stati costruiti i grafici, assegnano valore 0 o 1 ad ogni amminoacido...Se posso posto l'immagine così forse mi spiego meglio.
Gli istogrammi corrispondono ad ogni posizione della sequenza della proteina. Ogni posizione ha un punteggio che corrisponde ad una finestra centrata su quella posizione. Considera che se lanci lo stesso algoritmo di pepinfo con una finestra di dimensioni 1, ottieni lo stesso istogramma che avresti se non utilizzassi il sistema delle slidigin windows.
Non mi viene in mente nessuna pagina in cui sia spiegato bene l'algoritmo... prova a cerca con google, cmq.
Questo forse ti sarà utile: http://www.expasy.ch/tools/protscale-doc.html |
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