Connettere due eliche da riorientare

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Bely
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38 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2008 : 18:09:09

ciao a tutti, il mio problema e' abbastanza complesso.
Ho una proteina da ricostruire per homology modeling da una struttura cristallografica che ha l'N-terminale troncato. L'N terminale pero' e' importante ed e' la prosecuzione dell'alfa elica con cui inizia la struttura cristallografica. Questo N terminale posso modellarlo da una proteina analoga con cui ha un'ottima conservazione (purtroppo SOLO a questo livello). Quindi ho due risultati di homology modeling generati con due template diversi, e dovrei connettere le due eliche... non soltanto ovviamente traslando il primo pezzettino su tutto il resto, che di per se' sarebbe facile, ma ruotandolo in modo da continuare l'alfa elica dal punto in cui e' troncata! Qualcuno puo' suggerirmi qualche programmino che faccia cose simili?

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 17 gennaio 2008 : 18:17:05

Se usi Modeller ci sono due scelte:

o ti costrusci un modello chimera (http://salilab.org/modeller/FAQ.html, leggi la faq numero 1)

costruisci il modello a partire dal primo templato. Per quanto riguarda il dominio N-terminale lo modelli come loop (ma con l'accortezza di introdurre su quella regione un restraint - la faq numero 10 della stessa pagina - di struttura secondaria per l'alfa elica, e conducendo un loop refinement molto spinto per quella regione)

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Bely
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 17 gennaio 2008 : 19:17:30

Le provo entrambe! grazie:) !

Bely
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 21 gennaio 2008 : 14:12:32

Allora, ho dovuto usare entrambe le cose contemporaneamente per forzare l'elica. Ora mi resta un problema, che al centro di questa elica c'e' una prolina (conservata!) che crea una distorsione. Che restraint metto per orientare la distorsione in maniera analoga? La distanza tra i CA prima e dopo?

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 23 gennaio 2008 : 16:10:12

mah... di norma le proline e le glicine "scassano" le eliche (ma le proline di piu'). Sei sicura che la prolina sia forzata in elica e non provochi invece una interruzione?

In ogni caso sul tutorial di Modeller viene spiegato come apportare restraint specifici per i residui prolina...

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

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