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kakybiotech
Nuovo Arrivato
Prov.: Macerata
Città: Camerino
21 Messaggi |
 Inserito il - 28 gennaio 2008 : 17:39:55
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Ciao Ragazzi,
ho bisogno di un aiuto grande grande perchè grande grande è la mia confusione.
Partendo dal fatto che io ho la sequenza dell'mRNA codificante per ilmio recettore di interesse, il mio problema è come posso risalire alla sequenza delle UTR in 3' ed in 5', esiste una banca dati delle UTR per ogni gene? ed inoltre avendo più isoforme dello stesso gene le UTR cambieranno giusto??.
Spero di aver spiegato bene qual'è il mio problema, il fatto è che mi affaccio ora alla bioinformatica, è un campo del tutto nuovo, per cui qualsiasi chiarimento è veramente gradito.
Grazie  
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 28 gennaio 2008 : 18:19:13
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Giusto per chiarezza: le UTR (Un-Translated Regions) sono le sequenze che vanno dal punto in cui ha inizio la trascrizione, a quello in cui inizia la traduzione (generalmente un codone ATG).
Sono incluse nell'mRNA che viene trasportato nel citoplasma e possono contenere segnali che influenzano il destino dello stesso, come quelli per la localizzazione cellulare o la degradazione.
Perciò é probabile che la posizione delle UTR sia annotata in ogni trascritto, ma probabilmente vi saranno molti trascritti con le stesse UTR, visto che lo splicing può avvenire anche nelle posizioni interne.
Trovare la posizione di una UTR dipende dalla qualità con cui i geni che stai studiando sono annotati, e da come queste informazioni sono messe a disposizione nel database che stai utilizzando... per esempio, per un genoma appena sequenziato potrebbero mancare le informazioni sul punto esatto di inizio di trascrizione.
Per esempio, per ottenere la sequenza e le coordinate di un gene su ensembl puoi usare biomart:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=NM_000492.3&dopt=gb
che é un sistema un poco complicato nel quale devi selezionare innanzitutto il database che vuoi utilizzare (ensembl38), e poi mettere tra i filtri l'ensembl id che cerchi, e tra gli attributi la sequenza degli UTR.
Oppure, puoi fare a mano, per esempio puoi osservare l'entry di ensembl o quella di NCBI:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=1080&ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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