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Autore

Discussione

scamiolo
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:08:21

Ciao Ragazzi
avrei una domanda per voi. Vorrei utilizzare i tools disponibili online per valutare l'interazione tra due proteine. Tutti per� richiedono il file pdb delle due proteine di cui calcolare l'interazione. In certi casi per� il file pdb non � disponibile. C'e' un qualche software che permette di creare un file pdb (con una struttura tridimensionale naturalmente che non rispetti la reale conformazione dellla proteina) partendo solo dalla sequenza? L'ideale sarebbe un software che generi un pdb file da un file multifasta cos� da poter studiare l'interazione anche tra pi� di due proteine.
Grazie a tutti per l'aiuto!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:26:29

Leggi qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2680

Ci sono tanti topic su questo argomento, se cerchi nel forum.
In ogni caso, non si tratta di una operazione semplice, (http://www.russell.embl-heidelberg.de/gtsp/flowchart2.html), � l'equivalente di una tesina di specialistica di bioinformatica.
Quindi valuta l'opportunit� di farlo fare ad un laboratorio di bioinformatica, risparmi un sacco di fatica.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:37:16

Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm

Leggi qui: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=2680
...� l'equivalente di una tesina di specialistica di bioinformatica.
...

Chiamala tesina

...io sto facendo a pugni ancora adesso con Modeller

Quello che cerchi tu si chiama fold recognition. Prova a googlare con questo termine, non ti do' nessun link, perche' nessun link offrirebbe un panorama completo, a parer mio, data la vastita' dell'argomento

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 29 gennaio 2008 : 15:44:01

anzi si...

iscriviti su openbiosource.org

Li troverai un po' di piu' topic a riguardo