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scamiolo
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2008 : 10:36:47

Ciao Ragazzi

spero che la mia richiesta non sia ridondante e chiedo scusa all'ottimo organizzatore del sito se magari questo argomento � stato gi� affrontato altrove nel forum. Da un giro del sito ho trovato molti links utili per calcolare l'interazione tra due proteine. Io stesso ho aperto recentemente una discussione al riguardo. A me interesserebbe fare una cosa un po' pi� complicata (forse troppo complicata). Io vorrei immettere in un software, possibilmente online per utilizzare magari la potenza di un supercomputer server, la struttura di pi� proteine per studiarne l'interazione reciproca. Il primo passaggio che devo fare � quello di immettere 3 volte la struttura di una proteina per verificare che faccia un trimero, come gi� noto. Poi modificare la proteina base e valutare se il tipo di trimero rimane lo stesso. Poi addirittura dovrei studiare l'interazione tra un dimero di una proteina A ed un trimero di proteina B. Esiste un software che mi permette di immettere tutte le molecole che voglio e mi faccia un studio sull'interazioni possibili?
grazie ancora per l'aiuto

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2008 : 12:40:49

Urka quello che chiedi � tosto...

Scusa le domande banali, ma non conoscendoti bene � fondamentale:

Come sei messo a bioinformatica???
Hai mai fatto docking?

Di server online accessibili che lavorano in remoto non sono molto aggiornato...

Se hai almeno una base teorica allora quello che cerchi lo puoi trovare usando:

ZDock per il docking proteina-proteina http://zlab.bu.edu/zdock/

Gromacs per fare MD http://www.gromacs.org/

Ti consiglio pero' molto caldamente di valutare bene quanto sia fondamentale quello che chiedi. Non per scoraggiarti, ma imparare a usare bene questi programmi ti portera' via moooolta pazienza. Risparmieresti tempo e frustrazioni se conosci gia' qualche gruppo di bioinformatici a cui girare la patata bollente.

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

scamiolo
Nuovo Arrivato

9 Messaggi

Inserito il - 31 gennaio 2008 : 13:01:35

Grazie mille per i tuoi consigli!

Allora con bioinformatico sono un po' alle prime armi diciamo. Sono un chimico supramolecolare che programma in C. La cosa hce mi dicevi mi gasa parecchio e mi sa che ci provo ad imparare questi due software che mi consigli.
Grazie ancora!