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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 31 gennaio 2008 : 19:06:09
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Cari amministratori di molecularlab,
penso che pymol sia uno dei programmi piu usati ultimamente, ed è quello che offre piu' funzioni di tutti, oltre ad una grafica eccezionale.
L'unica mancanza è l'assenza di una guida dettagliata, sia sul sito ufficiale del prodotto, sia su internet in generale (pagine italiane e straniere).
Secondo voi serebbe possibile aprire una divisione del forum dedicata all'utilizzo di questo programma? Alcuni utenti di molecularlab sono già capaci di usarlo, e penso che sarebbe forse l'unico forum ad occuparsi specificatamente di questo argomento. In questo caso i contatti sul forum aumenterebbero parecchio.
Questa idea nasce da un'esigenza di approfondimento personale, ma anche come risposta alle diverse discussioni aperte a proposito. Sono certo che alcuni utenti esperti potrebbero fare da amministratori per questa "divisione" del forum.
E' una cosa fattibile?
grazie,
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2008 : 03:19:10
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Tecnicamente aprire una nuova sezione del forum non è un problema, tuttavia mi sembra che al momento il numero di discussioni riguardanti pymol non sia tale da giustificare l'apertura di una nuova sezione. Penso che per il momento si possa continuare nella sezione di bioinformatica.
Ciò detto, credo che scrivere una guida o anche dei tutorial su Pymol sarebbe una buona, anzi ottima idea! Questo si potrebbe fare ad es. nel wiki, che è aperto a tutti gli utenti per l'inserimento di contenuti. Oppure si potrebbero inserire dei tutorial nella sezione protocolli (ok, non sono proprio "protocolli" ma fa lo stesso)!
Il wiki in particolare sarebbe ottimo perchè uno potrebbe inserire una pagina su, chessò, l'uso di una certa funzione di pymol e poi un'altra persona potrebbe aggiungere dei suggerimenti su come velocizzare quanto già scritto e così via.
Se qualcuno fosse interessato a fare qualcosa del genere ne saremmo molto contenti! Se avete dubbi su come usare il wiki etc. scriveteci un messaggio privato o un'email e vedremo di risolverli!
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 01 febbraio 2008 : 08:24:25
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perfetto, penso sia una buona idea l'uso del wiki.
A questo punto ci si dovrebbe mettere d'accordo tra i vari utenti interessati...
grazie per la disponibilità, ciao! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2008 : 10:53:26
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Va bene... però cosidera che esiste già un wiki di pymol:
- http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page
e che c'é anche una ml.
Io purtroppo non mi intendo più di tanto di pymol, quindi non ti posso aiutare molto.. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2008 : 13:13:06
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Una sezione del genere non è un po' troppo tecnica e specifica per molecularlab?
Per RNA world:
Non vorrei fare pubblicita' alla "concorrenza" ma il forum di openbiosource.org è esclusivamente dedicato alla bioinformatica e c'è gia' una sezione dedicata ai visualizzatori molecolari (tra cui PyMol). Perchè non ti crei un account li? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2008 : 22:11:03
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Citazione:
Una sezione del genere non è un po' troppo tecnica e specifica per molecularlab?
Non lo vedo più specifico di altre cose presenti sul sito sinceramente... |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2008 : 22:21:24
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grazie per i suggerimenti, non sapevo ci fossero altri siti, li guarderò volentieri!
pymol in effetti è piuttosto specifico, nel senso che non è un programma "free", e soprattutto all'università molti professori non lo conoscono (in Italia ad almeno) ed insegnano ad usare rasmol.
in tutti i modi l'idea di creare anche qualcosa su questo forum resta una possibilità, almeno in futuro.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2008 : 12:51:55
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???
In che senso intendi che non è free?
Certo con l'ultima versione il signor DeLano ha introdotto un form per poterlo scaricare ed usare ma, a parte questo, per uso accademico è liberamente accessibile.
Ne è ulteriore conferma che PyMol 1.0 è liberamente disponibile e compilato ad hoc sui repositories ufficiali di Ubuntu Gutsy.
In ogni caso PyMol è sinceramente uno dei migliori programmi di visualizzazione molecolare, ma lo stesso autore ammette che per usi un po' piu' "spinti" VMD rimane ancora il meglio in assoluto. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2008 : 19:44:57
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Perfetto, allora forse ero rimasto quando ancora all'inizio non era free, o forse ho sempre creduto che non lo fosse, sorry!
Comunque ho visto il wiki che mi avete consigliato , e ho già installato il plugin eMovie, davvero ottimo!
ciao |
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Cècchicè
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
Inserito il - 14 settembre 2009 : 17:35:42
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Salve, sto per iniziare il secondo anno di biotecnologie quindi so solo la chimica base.
Vorrei imparare ad usare pymol ma non riesco nemmeno a fare una molecola di DNA perchè il P mi fa 3legami e non 5... Ho dato un'occhiata alla guida ma non riesco a capirla, è in inglese e dato che non sono nemmeno pratica di informatica non riesco a capire se la maggior parte delle parole è un termine riguardante l'utilizzo del programma o si riferisce alla struttuta della molecola...
Se aprisrte una sezione contenente una prima guida base per pymol credo sarebbe molto utile, non ne esistono in italiano ed ho notato che questo programma genera molto interesse anche in chi non sa nulla di grafica 3D |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2009 : 14:49:53
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ciao!
sicuramente una guida in italiano può essere utile, ma la wiki di pymol che trovi in rete è davvero eccezionale, e non troppo complessa. Secondo me la cosa migliore è se ci dici quello che vorresti fare nello specifico e lo risolviamo insieme. Fare una guida di pymol richiede molto lavoro...
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Cècchicè
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
Inserito il - 18 settembre 2009 : 20:44:32
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| ciao, scusa se rispondo solo ora.. per me pra la wiki è davvero troppo difficile... intanto mi piacerebbe sapere come fare l'elica di DNA, ma il fosforo è contro di me perchè non fa sufficienti legami, poi vorrei sapere se c'è un modo per far avere alle molecole la conformazione più stabile in automatico.. grazie ^^ |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 21 settembre 2009 : 14:36:09
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Ciao.
1) Allora, cosa intendi per "fare l'elica di DNA"? Vuoi costruirla tu atomo per atomo? oppure hai un file PDB con una molecola di DNA e lo vuoi visualizzare?
2) Che significa "avere delle molecole più stabili in automatico"? Come fai a vedere con un programma di visualizzazione molecolare se una molecola è stabile o meno? E poi cosa intendi per stabile? |
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Cècchicè
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
Inserito il - 21 settembre 2009 : 15:32:47
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1)volevo provare a costruirla atomo per atomo, ma sono anche interessata ad imparare a scaricare ed aprire file PDB già pronti.
2)provando a sostituire a caso diversi atomi agli idrogeni ho notato che posso far accavallare parti di molecole, ruotando alcuni legami posso svincolarle ma non so di quanto tenderebbero di preciso a ruotare se fossero davvero sospese nel vuoto |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 21 settembre 2009 : 17:27:17
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se vuoi costruirla atomo per atomo si può fare, usando il tool "build" che trovi nella barra dei comandi a destra. Secondo me si può fare, ma è davvero difficile, anche per chi è un esperto di pymol e francamente non ne vedo l'utilità visto che di strutture di DNA ce n'è a pacchi in PDB.
cmq se provi a fare qualcosa con pymol e hai bisogno chiedi pure.
ciao |
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Guida Pymol
