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carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
 Inserito il - 19 settembre 2005 : 18:19:25
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Devo calcolare il punteggio dell'allineamento sotto tenendo presente i relativi parametri
GAP PENALTY W=a+b(k-1) )
a = GOP gap opening penalty
b = GEP gap extension penalty
ATTCCGAG match +2, mismatch –1, GOP -5, GEP -2
| ||
A----GAC
MATCHES 3 x 2 = 6
MISMATCHES 1 x –1 = -1
GAPS 1 lungo 4 nucleotidi -5 + (3 x –2)
Non sono sicuro di aver fatto bene.
K-1 indica la lunghezza del gap -1, in questo caso 4-1?
Punteggio totale= Matches + mismatches + gaps
Grazie per ogni indicazione
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 settembre 2005 : 22:46:36
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ciao,
secondo me è giusto: ci sono tre matches (3 * 2 = 6), un mismatch (1 * -1) ed un gap da 4 nucleotidi.
Anche (k - 1) è (4 - 1) visto che il primo nt nn si conta, visto che si prende anche il GOP.
mmm forse quando scrivi un allineamento ti può essere utile il tag [code] \[code], altrimenti il forum ti mangia tutta la formattazione.
hasta otra! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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carlo4567
Nuovo Arrivato
Prov.: roma
Città: roma
40 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 12:29:49
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Il tag [code] \[code] .....
[code] testo messaggio \[code]
Va usato così?
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
ciao,
secondo me è giusto: ci sono tre matches (3 * 2 = 6), un mismatch (1 * -1) ed un gap da 4 nucleotidi.
Anche (k - 1) è (4 - 1) visto che il primo nt nn si conta, visto che si prende anche il GOP.
mmm forse quando scrivi un allineamento ti può essere utile il tag [code] \[code], altrimenti il forum ti mangia tutta la formattazione.
hasta otra!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 settembre 2005 : 13:09:44
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ehm, no ;)
devi spostare la / all'interno del secondo [code]. Altrimenti, aggiungi un messaggio cliccando su 'Rispondi' e clicchi sul botton con il simbolo # in alto.
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