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Autore

Discussione

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 20 settembre 2005 : 12:27:49

Ho un piccolo problema:
Ho una sequenza proteica sconosciuta e vorrei caratterizzarla, alla

ricerca di pattern e/o domnini funzionali.
L'ho per prima cosa tradott ain sequenza nucleotidica usando il

software il software Traslate.
Quale frame scegliere per la creazione di un entry virtuale in

Swissprot (da convertire in formato Fasta) per l'analisi successiva in

prosite?

Secondo me il 2, perch� la metionina � in posizione quasi inziale.
Ho infatti notato che cliccando sulla metionina si crea l'entry

virtuale e quindi ho dedotto che deve avere la sua importanza
Ma perch� � cos� importante per la creazione dell'entry?

Grazie a chi mi dar� una risposta

5'3' Frame 1
X X X G A P G V R A D P A E L A G S E P Q P S G T W H C P V R Q A L R P

G T Q P A A S L P V Q W P P V L Q P Stop G L S L L S R I P G P H Stop E

G D A S D Stop C C S D Q R G G P V F I G G V P D Q L G Q E A S G S G S

E A Q L L L D S R R V P A L H A G E V P G S R L Y T S Y K D R L E P T L

R S C G A S H E P R L G W G V

5'3' Frame 2
X X Met E R P E S E L I R Q S W R V V S R S P L E H G T V L F A R L F A

L E P S L L P L F Q Y N G R Q F S S P E D C L S S P E F L D H I R K V

Met L V I D A A V T N V E D L S S L E E Y L T S L G R K H R A V G V R L

S S F S T V G E S L L Y Met L E K C L G P D F T P A T R T A W S R L Y G

A V V Q A Met S R G W D G E Stop

5'3' Frame 3
X X W S A R S Q S Stop S G R A G G Stop Stop A A A L W N Met A L S C S

P G S S P W N P A C C L S S S T Met A A S S P A L R T V S P L Q N S W T

T L G R Stop C Stop Stop L Met L Q Stop P T W R T C L H W R S T Stop P

A W A G S I G Q W E Stop G S A P S R Q Stop A S P C S T C W R S A W V P

T L H Q L Q G P P G A D S T E L W C K P Stop A E A G Met G S

3'5' Frame 1
L L P I P A S A H G L H H S S V E S A P G G P C S W C K V G T Q A L L Q

H V E Q G L A Y C R E G A E P H S H C P Met L P A Q A G Q V L L Q Stop

R Q V L H V G H C S I N H Stop H H L P N V V Q E F W R G E T V L R A G

E L A A I V L E E R Q Q A G F Q G E E P G E Q D S A Met F Q R A A A H Y

P P A L P D Q L Stop L R A L H X X X

3'5' Frame 2
Y S P S Q P R L Met A C T T A P Stop S R L Q A V L V A G V K S G P R H

F S S Met Stop S R D S P T V E K E L S L T P T A R C F L P K L V R Y S

S N E D R S S T L V T A A S I T S I T F L Met W S R N S G E E R Q S S G

L E N W R P L Y W K R G S R L G S R A K S L A N R T V P C S R G L R L T

T R Q L C R I S S D S G R S X X X

3'5' Frame 3
T P H P S L G S W L A P Q L R R V G S R R S L Stop L V Stop S R D P G T

S P A C R A G T R L L S R R S Stop A S L P L P D A S C P S W S G T P P

Met K T G P P R W S L Q H Q S L A S P S Stop C G P G I L E R R D S P Q

G W R T G G H C T G R E A A G W V P G R R A W R T G Q C H V P E G C G S

L P A S S A G S A L T P G A P X X X

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 21 settembre 2005 : 04:49:19

Dando una velocissima occhiata ai 6 frame possibili ti accorgi che il 2 e' l'unico che codifica per una proteina piuttosto lunga senza codoni di stop in mezzo.
In effetti se provi a cercare la sequenza con Blast (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi) troverai un match (non ti dico quale... ti lascio la sorpresa!).

nICO

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dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 21 settembre 2005 : 18:56:22

Citazione:
Ho un piccolo problema:
Ho una sequenza proteica sconosciuta e vorrei caratterizzarla, alla

ricerca di pattern e/o domnini funzionali.
L'ho per prima cosa tradott ain sequenza nucleotidica usando il

software il software Traslate.
Quale frame scegliere per la creazione di un entry virtuale in

Non si capisce se tu hai una seq. di DNA e l'hai tradotta nei 6 possibili frame, oppure se hai una seq. proteica e l'hai 'retrotradotta', ma in questo caso dovresti avere un output diverso..
ciao!

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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)