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luigigrandi
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3 Messaggi |
 Inserito il - 23 settembre 2005 : 16:02:18
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Avrei alcuni dubbi e riflessioni fatte sulla bioinformatica
Ringrazio chi mi aiuterà a chiarili
1) Quando faccio un allineamento appaiono tre diversi simboli
|,.,:
Cosa indicano il punto ed i due punti?
2) Perchè l'inserimento di un gap comporta una penalizzazione?
3) Nella formula che ha portato al calcolo di un matrice PAM, cosa indica C(a,b) ?
Suppoiniamo che sia da valutare A e R
Per calcolare c(a,b) Trovo frequenza media di A ovvero sommo tutte le frequenze di A
con gli altri amminoacidi (R,N,D etc…) e divido per 20.(sono 20 gli amminoacidi)
Faccio lo stesso per R e poi sommo i valori
Ho inutio giusto?
4) Nella formula che ha portato al calcolo delle matrici blosum, cosa indica la costante k.
Voglio dire perchè adoperare proprio una costante con il valore 3/log2?
5) L'Algoritmo di Needleman e Wunsch per l’allineamento globale fa uso di martici pam e blosum normalizzate per evitare valori negativi. Come si fa a normalizzare una matrice?
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Riflessioni sulle matrici
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