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Discussione

ginetto
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 00:40:59

...traduzione!

Sto cercando un alibi per giustificare la mancata espressione delle mie piccole proteine random (vedi la discussione "Espressione e purificazione di piccole proteine").
Ho letto che se l'mRNA forma strutture secondarie sopratutto intorno al sito d'inizio, la traduzione potrebbe essere minore o addirittura nulla.
Ho provato a simulare le strutture secondarie dell'mRNA con RNA Draw ma come interpretarlo?

Qualcuno ha qualche idea?

Cercasi anche altri alibi!!

darkene
Utente Junior

291 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 16:30:00

io prima di tutto verificherei se l'RNA viene trascritto. puoi fare una semplice estrazione di RNA e una RT-PCR (non real time ma reverse transcriptase) con oligo specifici per l'mRNA per vedere se � espresso.
constatata l'espressione dell'RNA puoi pensare al resto.
secondo me (ammesso che l'rna venga prodotto) il problema � pi� legato alla stabilit� della proteina: piccole proteine (per lo pi� prodotte in maniera random) possono essere molto instabili.

ginetto
Nuovo Arrivato

7 Messaggi

Inserito il - 13 febbraio 2008 : 19:14:07

Una prova potrei farla, almeno per eliminare qualche dubbio.

Per quanto riguarda la stabilit� delle mie proteine, ho provato anche ad esprimerle in fusione con pIII (porzione della proteina III del fato M13), operazione fatta gi� in precedenza per phage display, ma non ho ottenuto brillanti risultati.

Purtroppo il tempo scarseggia per fare molte prove... quindi nell'attesa che esca qualche risultato positivo, cerco altri alibi!!