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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Cittā: roma


40 Messaggi

Inserito il - 02 ottobre 2005 : 15:15:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di carlo4567 Invia a carlo4567 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Tramite UCSC genome browser devo ottenere informazioni sull'mRna ed eventuali splicing alternativi, oltre alla posizione degli introni ed esoni ed il tipo di prodotto proteico della tyrosinase umana


Come devo fare per ottenere queste informazioni partendo da questo link ?
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?position=chr11:88550687-88668474&hgsid=60906549&refGene=pack&hgFind.matches=NM_000372,

Grazie a tutti per qualsiasi aiuto

chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 03 ottobre 2005 : 06:36:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hmmmm.... sinceramente non ho idea di come usare quella pagina... tutte quelle combobox mi spaventano!

Pero' ho una soluzione altrenativa e veloce... usa Pubmed!

1) Vai su Pubmed/Nucleotide : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide&itool=toolbar
2) Cerca : human [Organism] tyrosinase
3) La terza entry (NM_000372) e' l'mRNA del gene.
4) Apri questo link e trovi la sequenza proteica (verso la fine, prima delle STS) :

/translation="MLLAVLYCLLWSFQTSAGHFPRACVSSKNLMEKECCPPWSGDRS
                     PCGQLSGRGSCQNILLSNAPLGPQFPFTGVDDRESWPSVFYNRTCQCSGNFMGFNCGN
                     CKFGFWGPNCTERRLLVRRNIFDLSAPEKDKFFAYLTLAKHTISSDYVIPIGTYGQMK
                     NGSTPMFNDINIYDLFVWMHYYVSMDALLGGSEIWRDIDFAHEAPAFLPWHRLFLLRW
                     EQEIQKLTGDENFTIPYWDWRDAEKCDICTDEYMGGQHPTNPNLLSPASFFSSWQIVC
                     SRLEEYNSHQSLCNGTPEGPLRRNPGNHDKSRTPRLPSSADVEFCLSLTQYESGSMDK
                     AANFSFRNTLEGFASPLTGIADASQSSMHNALHIYMNGTMSQVQGSANDPIFLLHHAF
                     VDSIFEQWLRRHRPLQEVYPEANAPIGHNRESYMVPFIPLYRNGDFFISSKDLGYDYS
                     YLQDSDPDSFQDYIKSYLEQASRIWSWLLGAAMVGAVLTALLAGLVSLLCRHKRKQLP
                     EEKQPLLMEKEDYHSLYQSHL"

5) Questo e' un mRNA quindi non trovi info sugli esoni/introni: torna alla pagina precedente con i risultati della ricerca.
6) Ora puoi cercarti a mano la sequenza di DNA o, se sei registrato con MyNCBI (fallo, e' gratuito), puoi personalizzare i filtri di ricerca e mettere "Genomic DNA/RNA". Ad ogni modo troverai queste entry:
AF237807 Homo sapiens tyrosinase (TYR) gene, exon 1
AF237808 Homo sapiens tyrosinase (TYR) gene, exon 2
AF237809 Homo sapiens tyrosinase (TYR) gene, exon 3
AF237810 Homo sapiens tyrosinase (TYR) gene, exon 4
AF237811 Homo sapiens tyrosinase (TYR) gene, exon 5 and complete cds


Aprine uno a caso e troverai:

CDS : join(AF237807.1:1..819,AF237808.1:1..217,AF237809.1:1..148,AF237810.1:1..182,AF237811.1:1..224)


Quindi gli esoni sono AF237807 da 1 a 819, AF237808 da 1 a 217 etc etc.

nICO

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