Eliche transmembrana

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Autore

Discussione

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 04 ottobre 2005 : 14:34:52

Ho eseguito una ricerca di eliche transmembrana relativa alla proteina con accession number P02943.
Ho eseguito la ricerca con TMpred e con Swiss Prot.
Perch� i risultati non sono simili?

TMpred
The sequence positions in brackets denominate the core region.
Only scores above 500 are considered significant.

Inside to outside helices : 1 found
from to score center
83 ( 85) 101 ( 101) 1298 93

Outside to inside helices : 1 found
from to score center
83 ( 85) 101 ( 101) 1206 93

swiss prot

PRO_0000025175
TOPO_DOM 26 26 1 Periplasmic.
TRANSMEM 27 35 9
TOPO_DOM 36 64 29 Extracellular.
TRANSMEM 65 78 14
TOPO_DOM 79 80 2 Periplasmic.
TRANSMEM 81 93 13
TOPO_DOM 94 104 11 Extracellular.
TRANSMEM 105 115 11
TOPO_DOM 116 122 7 Periplasmic.
TRANSMEM 123 130 8
TOPO_DOM 131 148 18 Extracellular.
TRANSMEM 149 159 11
TOPO_DOM 160 161 2 Periplasmic.
TRANSMEM 162 173 12
TOPO_DOM 174 191 18 Extracellular.
TRANSMEM 192 205 14
TOPO_DOM 206 209 4 Periplasmic.
TRANSMEM 210 222 13
TOPO_DOM 223 234 12 Extracellular.
TRANSMEM 235 248 14
TOPO_DOM 249 250 2 Periplasmic.
TRANSMEM 251 263 13
TOPO_DOM 264 290 27 Extracellular.
TRANSMEM 291 305 15
TOPO_DOM 306 307 2 Periplasmic.
TRANSMEM 308 323 16
TOPO_DOM 324 326 3 Extracellular.
TRANSMEM 327 341 15
TOPO_DOM 342 343 2 Periplasmic.
TRANSMEM 344 359 16
TOPO_DOM 360 362 3 Extracellular.
TRANSMEM 363 378 16
TOPO_DOM 379 385 7 Periplasmic.
TRANSMEM 386 400 15
TOPO_DOM 401 430 30 Extracellular.
TRANSMEM 431 445 15

Fil23
Utente Junior

Prov.: estero
Citt�: London

238 Messaggi

Inserito il - 05 ottobre 2005 : 12:52:35

Ciao!
La predizione fallisce perch� la tua proteina � un p� particolare! L'errore � nella predizione, perch� la struttura della tua proteina � stata risolta, quindi si prendono per buone le informazioni che sono nella schermata di Swiss. Se guardi bene la schermata noti che le zone transmembrana sono degli strand e non delle "consuete eliche". TMpred e tutti i software convenzionali falliscono la predizione perch� considerano zone transmembrana solo le eliche! Prova il sito della professoressa Casadio dell'universit� di Bologna, mi hanno detto che per questo tipo di casi � migliore.
spero di esserti stato utile
ciao ciao

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 08 ottobre 2005 : 08:26:37

Grazie per l'ottimo suggerimento