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LUCIA14976
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
 Inserito il - 21 febbraio 2008 : 13:47:45
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Ciao a tutti, ho un problema che riguarda la rielaborazione di dati di qRT PCR. Io devo vedere se la diminuizione dell'espressione di un gene è significativa o meno dopo un certo trattamento dei pistilli di un fiore. quindi dopo il trattamento ho raccolto campioni diversi in diversi momenti (1°-settimana, 2°-settimane, 3°-settimane ecc.), ne ho visto l'espressione per real-time e poi ho paragonato il dato ottenuto per ogni campione con quello ottenuto da ogni rispettivo controllo (1°sett, 2°sett, 3°sett ecc.).
N.B. ogni singolo campione è rappresentato da un insieme di più pistilli (20) altrimenti non ho sufficente materiale per fare l'estrazione di RNA.
Nonostate la difficoltà a reperire campioni ho analizzato tutti i momenti considerati (1°sett, 2°sett, 3°sett...) in duplicato, sia per quanto riguarda i controlli sia per quanto riguarda i trattati.
Quindi per ogni momento considerato: 2 controlli e 2 trattati. Visto che in qRT PCR ogni campione viene analizzato in triplicato io ho: 6 saggi per un controllo e 6 saggi per il rispettivo trattato.
La mia domanda è: posso analizzare con un test t-student per dati indipendenti i 6 saggi dei trattati rispetto ai 6 saggi dei controlli?
ciao
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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LUCIA14976
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
 Inserito il - 22 febbraio 2008 : 09:57:23
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ma se io analizzo momento per momento separatamente, posso usare il t-test!? la mia perplessità è se posso analizzare insieme i tre saggi provenienti da un cDNA trattato o controllo e i tre saggi provenienti dall'altro cDNA trattato o controllo corrispondente allo stesso momento.  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2008 : 10:50:55
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ciao,
non è mai una buona idea fare analisi separate...il modello statistico dovrebbe essere coerente con il disegno dello studio ( è il motivo per cui bisogna pensare alla statistica prima di fare un esperimento e mai a babbo morto)...
in questo modo dovrai risettare il livello di significatività in base al numero di test che fai ...supponi di fare 10 test t allora saranno significative solo differenze con associato un valore di p minore uguale a 0,05/10= 0,005...
ti suggerisco di fare un analisi della varianza per misure ripetute o meglio un modello ad effetti misti
TMAx |
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ares1984
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
9 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 12:45:33
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ciao,
credo anche io che tu debba fare un test ANOVA per fare un'analisi della varianza.
Ti consiglio inoltre, se ti è ancora possibile, di utilizzare la progettazione robusta per il tuo esperimento.
Con la progettazione robusta puoi individuare la combinazione dei parametri, i fattori di controllo, che renda le stime più insensibili possibili all'effetto dei fattori di disturbo.
In poche parole puoi progettare un piano sperimentale (piani ortogonali o incrociati) e poi fare un'analisi della varianza. |
disapprovo ciò che dici ma difenderò sino alla morte il tuo diritto di dirlo - Voltaire |
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