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ares1984
Nuovo Arrivato


Città: Napoli


9 Messaggi
Inserito il - 22 febbraio 2008 : 22:51:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ares1984 Invia a ares1984 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
salve a tutti,
metto subito le mani avanti dicendo che non so un accidenti riguardo pymol, nè tantomeno sono un chimico... ma trovo davvero artistiche le composizioni strutturali che si possono ottenere... vorrei provare a vederle sotto l'effetto di allucinogeni, potrebbe essere un'esperienza trascendentale soprattutto per me, povero mortale.
Vi lancio una sfida... mi spieghereste in 5 punti a cosa serve pymol?
Vi ringrazio per la cortese attenzione...
disapprovo ciò che dici ma difenderò sino alla morte il tuo diritto di dirlo - Voltaire

alex782
Nuovo Arrivato


Città: San Francisco


5 Messaggi
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 00:53:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di alex782  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di alex782  Invia a alex782 un messaggio Yahoo! Invia a alex782 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Anch'io trovo sia un programma interessante e purtroppo la mia esperienza con proteine e' molto limitata.
In maniera molto superficiale io lho usato per osservare la localizzazione di alcuni AA di una proteina che sono indispensabili per la sua funzione. giusto per osservarne la distanza dal sito di legame del substrato. Ma penso che il mio sia un uso improprio, perdonatemi Pymol-addicted. potrebbe essere usato per verificare i vari gruppi prostetici che accomuna varie proteine.
Perdonatemi di nuovo. Sarei curioso anch'io dei 5 punti che tu hai chiesto, in modo da avere un quadro piu' generale.
Ale
Ale
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ares1984
Nuovo Arrivato


Città: Napoli


9 Messaggi
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 01:10:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ares1984 Invia a ares1984 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
anch'io ne ho fatto un uso molto simile al tuo, e ho fatto inoltre solo piccole simulazioni di dinamiche per vedere come evolvesse il sistema e se arrivasse ad un equilibrio asintotico relativo a ciò che era oggetto del mio studio... chiaramente era un sistema tempo invariante...
Credo ciecamente nelle potenzialità di questo programma e sono un fan sfegatato degli sviluppatori.

La sfida è ancora aperta eh?
disapprovo ciò che dici ma difenderò sino alla morte il tuo diritto di dirlo - Voltaire
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi
Inserito il - 23 febbraio 2008 : 12:18:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Credo sia riduttivo spiegare PyMol in 5 punti comunque:

1 - Serve per produrre immagini e filmati di macromolecole; ovviamente non si riescono a raggiungere i livelli di professionalità di VMD, ma il suo renderer è eccellente.

Eppoi tutte le funzioni canoniche di un viewer:

2 - Visualizzazioni strutturali secondo varie interpretazioni (anche se manca la visualizzazione in stringhe wireframe e la visualizzazione in balls&stick è un po' macchinosa)

3 - Visualizzazione di superfici molecolari

4 - Sovrapposizioni strutturali

5 - Editing diretto del PDB, con possibilita' di fare mutagenesi e analisi dei rotameri conformazionali

Usare PyMol - e lo ripeto per l'n-esima volta - per fare minimizzazioni e/o dinamiche mi sembra molto poco adeguato (ci sono tantissimi altri software specifici che fanno questi mestieri molto meglio)
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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ares1984
Nuovo Arrivato


Città: Napoli


9 Messaggi
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 12:41:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ares1984 Invia a ares1984 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille!!
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