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 mismatch al 3' di un primer		  Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
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MirrorHole
Nuovo Arrivato

Il Professore


14 Messaggi
Inserito il - 24 febbraio 2008 : 16:21:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MirrorHole Invia a MirrorHole un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!
Vorrei una conferma da voi!
In linea teorica un mismatch di due nucleotidi (CA) al 3'di un primer dovrebbe impedire la polimerizzazione da parte della Taq...che cosa ne pensate? Può dipendere anche dalle condizioni di stringenza (temperatura, forza ionica...)?
...accendere una candela è gettare un'ombra...

MirrorHole
Nuovo Arrivato

Il Professore



14 Messaggi
Inserito il - 25 febbraio 2008 : 22:38:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MirrorHole Invia a MirrorHole un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...nessuno risponde?!
...accendere una candela è gettare un'ombra...
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paolo865
Utente Junior


Prov.: Como
Città: Olgiate Comasco


262 Messaggi
Inserito il - 25 febbraio 2008 : 23:38:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di paolo865 Invia a paolo865 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
se non sbaglio una delle cose più importanti per permettere il corretto appaiamento del primer è che non vi siano mismatch al 3'. Pur cambiando le condizioni di stringenza, se manca la complementarietà al 3' la taq pol non dovrebbe riuscire ad amplificare nulla.
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MirrorHole
Nuovo Arrivato

Il Professore



14 Messaggi
Inserito il - 26 febbraio 2008 : 00:34:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MirrorHole Invia a MirrorHole un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
...no infatti teoricamente DEVE ESSERE COSÌ!...avevo bisogno solo di una conferma sulle condizioni di stringenza!
Grazie!
...accendere una candela è gettare un'ombra...
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Neuroscience
Utente



659 Messaggi
Inserito il - 26 febbraio 2008 : 14:26:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Neuroscience Invia a Neuroscience un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
dipende che intendi per condizioni di stringenza.
Poiché se anche solo 1 nucleotide al 3' è sbagliato non si amplifica niente anche se abbassi la temperatura di 10 gradi al di sotto della Tm, però se scendi ancora c'è la possibilità che l'oligo si annili, anche se male, da qualche altra parte e possa in teoria generare un prodotto di PCR.

Però per amplificare l'ultimo nucleotide deve necessariamente appaiarsi bene altrimenti la Taq non amplifica
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