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biotech
Utente Junior
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CIA
Utente Junior
Prov.: Padova
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233 Messaggi |
 Inserito il - 15 ottobre 2005 : 12:36:12
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Mi dispiace, io non ho fatto bioinformatica, ma so di certo che qua c'è qualcuno che se ne intende per bene in ambito, buona fortuna! |
CIA
Se è verde o si muove, è biologia. Se puzza, è chimica. Se non funziona, è fisica.
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biotech
Utente Junior
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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Inserito il - 28 ottobre 2005 : 16:57:23
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ciao, scusa per il ritardo.
Un pattern generalmente è un motivo espresso sotto forma di una espressione regolare, cioè ad esempio ACTG[^A]GNNCCAA[AC]TTYYDDD$
cioè attraverso dei caratteri che hanno diversi significati.
Un profilo invece è un motivo espresso sotto forma di matrice di frequenza (PSSM), ad esempio questa:
A 1 3 0
C 2 0 3
G 0 0 0
T 1 1 1
Un allineamento globale è riferito al confronto tra due sequenze intere; uno locale invece interessa solo parti di queste sequenze, per cui ti restituisce la più lunga sottosequenza in comune fra le due, che potrebbe essere ad esempio un dominio comune fra due proteine. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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biotech
Utente Junior
Prov.: Padova
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Inserito il - 29 ottobre 2005 : 23:33:52
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Cioè il pattern rappresenta tutti i residui accettati di un allineamento mutiplo, in qualsisi posizione?
Il profilo non ho capito bene...  Viene fuori sembrerebbe da PSI-Blast che è il programma che genera la matrice PSSM? |
http://boincstats.com/signature/user_1342603.gif |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 30 ottobre 2005 : 21:29:13
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No, sono due modi diversi per rappresentare la stessa cosa.
Per farti un esempio, la TATAA box è un motivo di DNA: potresti rappresentarlo sia come una stringa, cioè [GT]ATAA, che significa che in alcuni casi nella prima base c'è una G al posto della T; oppure come una matrice, nella quale metti, per ogni posizione, la frequenza con cui ogni base appare: vedi se ti può essere utile questo, per capire: http://genome.imim.es/~malba/MASTER/motif_databases.html |
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biotech
Utente Junior
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2005 : 23:08:30
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Perchè è il modo migliore per descrivere un motivo proteico o di DNA ad un computer.
L'altro sistema, quello con le espressioni regolari (pattern) è più utile per rappresentarlo ad un occhio umano: fai prima a ricordarti una sequenza (sempre come TATAA) piuttosto che una matrice. E' inutile che io ti venga a dire che nella prima posizione della TATAA box c'è il 0,0075 % di possibilità che ci sia una G al posto della T, perchè non te lo ricorderai mai: però se devi dare questi dati ad un programma, è meglio cercare di indicare anche le informazioni meno importanti.
Poi sul link che ti ho dato, c'è un esempio di un metodo che può essere utilizzato per dentificare un motivo su una sequenza: quello delle sliding windows.. |
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biotech
Utente Junior
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[Def] Pattern e Profili; all. Locale e Globale
Guide tools online
Inserito il - 31 ottobre 2005 : 17:48:34
