|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 29 febbraio 2008 : 11:28:43
|
Sondaggio:
A prescindere da quale server possiate usare (NCBI, EBI, ...) quale dei due algoritmi sembra più efficente?
Io ho notato questo, a partire da:
- medesima sequenza target
- medesima matrice di sostituzione (ad es. BLOSUM80)
- medesima banca dati su cui fare la ricerca (SwissProt)
BLAST mi sembra che proponga un numero maggiore di falsi positivi rispetto a FASTA (dico falsi positivi nel senso che conosco gia' a priori l'origine della mia sequenza target, e leggo la natura delle entry proposte).
In secondo luogo, ho notato che gli e-value tra FASTA e BLAST sono differenti per almeno un paio di ordini di grandezza sulla medesima entry
|
|
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
|
BLAST vs FASTA
Guide tools online
