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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 09 aprile 2008 : 09:49:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao! volevo sapere se qualcuno conosce qualche database che è possibile consultare per identificare i geni espressi da un particolare tipo cellulare (per esempio a me interesserebbero i linfociti) con la loro corrispondente posizione sul cromosoma.
grazie mille!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 10 aprile 2008 : 11:19:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Innanzitutto prova a farti una idea di come le annotazioni sull'espressione genica di un tessuto possano essere ottenute: a me vengono in mente microarrays, sage, pcr, ESTs.
Questo per capire più o meno dove cercare e che cosa é possibile trovare o no.


Il genome browser di UCSC ha una funzione che ti permette, dato un gene, di vedere in quali tessuti é espresso.
Vai su http://genome.ucsc.edu e clicca su 'Gene Sorter'. Da lì, puoi selezionare un gene e vedere come é espresso.

Oppure, dai un'occhiata a qualche database di microarray: http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/aer , http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_public.html , e altri che puoi trovare con google.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 10 aprile 2008 : 16:54:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho provato a contattare l'assistenza di Biomart su questo problema perché ero curioso (), e perché so che apprezzano questo tipo di segnalazioni.

Ecco cosa mi hanno risposto:
Citazione:
The only cell-type or tissue expression information BioMart can return
is from two consortia: eGenetics/SANBI, a library of ESTs, and also the
GNF expression data set, based on a microarray. Here is some 'help' and
more information:

* eGenetics/SANBI EST Expression Data - Libraries of ESTs deposited
in dbEST, were annotated with eVOC terms by SANBI, and then mapped to
Ensembl gene predictions via a mapping of ESTs to Ensembl transcript
predictions.

The reference is here:
http://mips.gsf.de/staff/mader/microa/bibliography/entry-Kelso03.html

* Genomics Institute of the Novartis Research Foundation (GNF) -
This expression data set is based on the Affymetrix HG-U95A microarray,
was annotated with eVOC terms by SANBI and then mapped to Ensembl gene
predictions via a mapping of Affymetrix probe sequences to Ensembl
trancript predictions.

http://symatlas.gnf.org/SymAtlas/

In BioMart, if you look under 'Filters: EXPRESSION' and click 'Browse'
next to different terms, it will show a list of possible terms to enter.
Fo example, click on 'eGenetics/SANBI' EST cell type data (browse).
Choose 'T-lymphoblast' or 'T-lymphocyte'. There should be 4,632 human
genes that are associated to 'T-lymphocyte' (I saw this clicking on
'count'.)

Otherwise, we don't have this sort of information. It's true it is not
described in the help- we are thinking of improving the help to be
term-specific so that a word or term could be clicked upon and an
explanation given. However, for BioMart this is tricky as the
programmers don't always know what the orginal data is about, they just
organise it into BioMart. Most of what our users use BioMart for is
found in Ensembl help pages, but for the expression data, it is not in
the Ensembl browser.

I hope this helps.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi

Inserito il - 10 aprile 2008 : 20:04:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille davvero!!
l'UCSC lo conoscevo infatti ero partita lì per trovare i geni espressi sul chr che mi interessava, ma dopo una mattinata avevo controllato 1/5 del chr ed ero un pò stufa e quindi mi ero chiesta se non ci fosse un metodo più veloce!grazie mille!sei stato utilissimo!
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