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Simona84
Utente Junior
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Inserito il - 09 aprile 2008 : 09:49:09
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ciao! volevo sapere se qualcuno conosce qualche database che è possibile consultare per identificare i geni espressi da un particolare tipo cellulare (per esempio a me interesserebbero i linfociti) con la loro corrispondente posizione sul cromosoma. grazie mille!
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 10 aprile 2008 : 11:19:06
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Innanzitutto prova a farti una idea di come le annotazioni sull'espressione genica di un tessuto possano essere ottenute: a me vengono in mente microarrays, sage, pcr, ESTs. Questo per capire più o meno dove cercare e che cosa é possibile trovare o no.
Il genome browser di UCSC ha una funzione che ti permette, dato un gene, di vedere in quali tessuti é espresso. Vai su http://genome.ucsc.edu e clicca su 'Gene Sorter'. Da lì, puoi selezionare un gene e vedere come é espresso.
Oppure, dai un'occhiata a qualche database di microarray: http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/aer , http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_public.html , e altri che puoi trovare con google. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 10 aprile 2008 : 16:54:46
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Ho provato a contattare l'assistenza di Biomart su questo problema perché ero curioso (), e perché so che apprezzano questo tipo di segnalazioni.
Ecco cosa mi hanno risposto:
Citazione: The only cell-type or tissue expression information BioMart can return is from two consortia: eGenetics/SANBI, a library of ESTs, and also the GNF expression data set, based on a microarray. Here is some 'help' and more information:
* eGenetics/SANBI EST Expression Data - Libraries of ESTs deposited in dbEST, were annotated with eVOC terms by SANBI, and then mapped to Ensembl gene predictions via a mapping of ESTs to Ensembl transcript predictions.
The reference is here: http://mips.gsf.de/staff/mader/microa/bibliography/entry-Kelso03.html
* Genomics Institute of the Novartis Research Foundation (GNF) - This expression data set is based on the Affymetrix HG-U95A microarray, was annotated with eVOC terms by SANBI and then mapped to Ensembl gene predictions via a mapping of Affymetrix probe sequences to Ensembl trancript predictions.
http://symatlas.gnf.org/SymAtlas/
In BioMart, if you look under 'Filters: EXPRESSION' and click 'Browse' next to different terms, it will show a list of possible terms to enter. Fo example, click on 'eGenetics/SANBI' EST cell type data (browse). Choose 'T-lymphoblast' or 'T-lymphocyte'. There should be 4,632 human genes that are associated to 'T-lymphocyte' (I saw this clicking on 'count'.)
Otherwise, we don't have this sort of information. It's true it is not described in the help- we are thinking of improving the help to be term-specific so that a word or term could be clicked upon and an explanation given. However, for BioMart this is tricky as the programmers don't always know what the orginal data is about, they just organise it into BioMart. Most of what our users use BioMart for is found in Ensembl help pages, but for the expression data, it is not in the Ensembl browser.
I hope this helps.
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Simona84
Utente Junior
Città: milano
131 Messaggi |
Inserito il - 10 aprile 2008 : 20:04:16
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grazie mille davvero!! l'UCSC lo conoscevo infatti ero partita lì per trovare i geni espressi sul chr che mi interessava, ma dopo una mattinata avevo controllato 1/5 del chr ed ero un pò stufa e quindi mi ero chiesta se non ci fosse un metodo più veloce!grazie mille!sei stato utilissimo!
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