Il processo di metilazione del DNA funziona come una sorta di identificativo che permette di discernere il proprio patrimonio genetico da altro materiale esogeno. In questo senso, il pattern di enzimi di restrizione di un batterio è in grado di degradare DNA esogeno (per es. proveniente da virus) preservando la degradazione del proprio nonostante possa possedere sequenze di riconoscimento di tali enzimi.
Il grado di metilazione su sequenze di DNA consente anche di poter regolare i livelli di espressione, l'accensione o lo spegnimento di determinati geni (v. biologia dello sviluppo).
si, se ricordo bene è il motivo per cui le endonucleasi di restrizione batteriche attaccano solo dna estraneo al batterio stesso preservando il proprio.. nella pratica consiste nell'addizione di gruppi metilici (CH3) al dna