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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 04 novembre 2005 : 12:14:40
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Ciao a tutti,
Sono appena entrato (più o meno) in tesi in un lab dove si fa molecular modelling.
L'argomento mi affascina, ma sono un po' impreparato dal momento che nel CdL di biotech che ho fatto se ne è solo accennato.
Sto crescendo come autodidatta, per questo motivo ho aperto questa discussione...
In pratica sto validando un metodo di docking di due molecole di ligando (colato) in una unica cavità recettoriale (proteina BABP).
Come software uso InsightII (Accelrys) e MOE2005(Chemical Computing Group): qualcuno li conosce e li usa correntemente?
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http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
 Inserito il - 07 novembre 2005 : 12:46:54
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Ciao!
Io lavoro con proteine intere e ho iniziato da poco a fare il docking...per ora ho usato il software ESCHER!
Per sapere di +:
ESCHER: a new docking procedure applied to the reconstruction of protein tertiary structure. Ausiello G, Cesareni G, Helmer-Citterich M. Proteins. 1997 Aug;28(4):556-67.
ciao ciao |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 07 novembre 2005 : 19:18:54
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Bravo bravo!!
Anche io sono più o meno nella tua situazione, con la differenza che io sono entrato e pure uscito, non nel senso che mi han sbattuto fuori però!!! 
Come stage e tesina del triennio ho svolto uno studio con MOE, AutoDock, Ligplot, su docking di differenti ligandi con 2 recettori...con conseguente valutazione delle migliori energie di legame.
Su alcuni di questi ho svolto una modesta meccanica e dinamica molecolare.
Ora mi trovo nella condizione di stesura della tesina, sto ancora raccogliendo il materiale, i manuali, e molte altre cose.
Ti posso dare qualche sito che ho consultato:
Per MOE: http://www.chemcomp.com/
InsightII non l'ho usato personalmente, ma l'ho visto usare...
Qua c'è un pò di tutto: http://computing.scs.uiuc.edu/sci_software/sci_software.shtml
Per il resto anche riprenderò ad imparare molto da autodidatta, che resta a quanto pare una delle cose più utili.
Ciao
Simo |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 08 novembre 2005 : 10:28:42
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Citazione:
Messaggio inserito da Ra1D
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Come stage e tesina del triennio ho svolto uno studio con MOE, AutoDock, Ligplot, su docking di differenti ligandi con 2 recettori...con conseguente valutazione delle migliori energie di legame.
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Ciao Simo,
volevo avere un aiuto spicciolo se possibile; prima di mettermi a spulciarmi siti e tutorial se c'è qualcuno che ha già esperienza e meglio
Ti espongo il mio problema.
Ho un complesso ligando-recettore e all'interno del sito di legame ho lasciato l'acqua di solvatazione; ho fatto docking, minimizzazioni energetiche del caso e ora ho un bel database delle conformazioni ogni mezzo picosecondo di dinamica molecolare.
Volevo sapere se conosci un modo (in MOE, o se è possibile esportare il database della dinamica in formato PDB) per visualizzare la Root Mean Square Deviation e Fluctuation per ogni molecola di H2O. In questo modo spero di discriminare quali H2O sono fondamentali nel processo di docking dal pool di solvatazione, o comunque selezionare le molecole più profondamente coinvolte nell'interazione ligando-recettore |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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