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Autore Discussione  

sassarolo
Nuovo Arrivato

Cittā: Ancona


5 Messaggi
Inserito il - 23 aprile 2008 : 17:41:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sassarolo Invia a sassarolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho provato ad utilizzare il PRIMARY_IDENTIFIER del campo DR (Database cross-Reference) relativo a proteine del DB SwissProt per cercare le corrispettive sequenze nucleotidiche sul database EMBL nel file rel_ann_env_01_r94.dat.gz senza successo.
Ho preso l'identificativo sbagliato o ho il Database sbagliato?

Grazie
Luca
Luca Sassa

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 23 aprile 2008 : 19:06:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
A volte le annotazioni dei database non sono aggiornate o non sono corrette, a causa di un numero troppo elevato di progetti e di dati da mantenere.

Se spieghi esattamente di quali proteine si tratta ti possiamo aiutare meglio. In particolare non ho capito bene dove hai trovato il file .gz.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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sassarolo
Nuovo Arrivato

Cittā: Ancona


5 Messaggi
Inserito il - 23 aprile 2008 : 19:31:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di sassarolo Invia a sassarolo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho scaricato il database EMBL qua: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/release/
Sto cercando in particolare proteine mitocondriali. Ad esempi (ID e GN di swiss prot):
3BHS1_HUMAN Name=HSD3B1
3BHS2_HUMAN Name=HSD3B2
3HIDH_HUMAN Name=HIBADH

Grazie mille!
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