| Autore |
Discussione |
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
 Inserito il - 04 maggio 2008 : 20:56:20
|
Ragazzuoli, sono disperato...Devo fare un esercitazione di modelling per bioinformatica...Ho fatto un allineamento con ClustalW e ho usato SwissPdbViewer per riportare l'allineamento tra target e templato...Salvo il file PDB dell'allineamento con la mia sequenza target ripiegata sul templato e poi vado ad ottimizzare il modello o direttamente dal programma con Submit Modelling Request o dal sito, ma ogni volta l'operazione non va a buon fine...Allego il file .PDB dell'allineamento e un file di testo dove c'è il responso del server dentro un file zip...Se qualcuno sa come risolvere gliene sarei davvero grato...
Allegato:  Allineamento.zip
126,49 KB
|
 
 |
|
|
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2008 : 18:58:49
|
Immagine:
89,15 KB
il PDB templato è un bel po' incasinato. Le prime due cose che si notano immediatamente sono:
- il DNA è "esploso", e frammenti di nucleotidi sono partiti per spazi siderali (capita in minimizzazioni critiche, che richiedono l'applicazione preventiva di barriere energetiche tipo tethering, restraint o costraint)
- l'allineamento che hai fatto non è corretto: la porzione C-term della tua sequenza allinea prima con una catena e poi con un altra (l'ho evidenziata in sfere piene)
Una prima cosa che potresti fare sarebbe, per cominciare, dare una bella ripulita al tuo templato e salvarti un file PDB nuovo contenente una sola catena proteica e nient'altro e usare quella struttura per il modelling.
P.S.: l'esercitazione prevede che tu debba usare per forza quella roba urenda di SwissModel o te li puoi scegliere tu i tools per fare modeling? |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
 |
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 06 maggio 2008 : 11:36:00
|
Purtroppo sull'esercitazione ci sta SwissModel...Ieri mattina il prof c'ha messo un'ora a ripulire il templato e tutti hanno avuto lo stesso problema con templati diversi, ma alla fine ce l'ho fatta...Adesso provo a ripartire con un altro templato e con un altro allineamento...Ma sarebbe meglio PSI-BLAST o ClustalW? Grazie mille per l'interessamento! |
|
|
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 06 maggio 2008 : 12:16:45
|
PSI-Blast sarebbe piu' adatto...
a dire il vero la cosa ottimale sarebbe quella di costruirsi inizialmente una matrice PSSM a partire dall'allineamento multiplo di ClustalW e poi darla in pasto a PSI-Blast, come se fosse gia' al secondo run (ma non ricordo bene come si faccia nella pratica).
Comunque e' inutile - o quasi - modellare se sull'allineamento:
A - i gaps mappano dentro elementi di struttura secondaria
B - hai gaps numerosi, che oltretutto superano i 5-6 residui di dimensione ognuno
Il mio consiglio rimane quello di seguire un paio di passaggi preliminari:
- prima di tutto sulla sequenza da modellare fatti una predizione consenso di struttura secondaria http://zeus.cs.vu.nl/programs/sympredwww/
- fai un BLAST iniziale e valutare il grado di conservazione dell'allineamento: se hai un 30% di identita' di sequenza o piu' ok, altrimenti ti converrebbe ricorrere ad un metaserver di fold recognition per cercare dei templati adatti http://bioinfo.pl/
- se SwissModel accetta piu' di un templato come riferimento puoi costruirti una libreria di templati cercando degli analoghi strutturali con VAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/VAST/vastsearch.html o con DALI http://www.ebi.ac.uk/dali/
- infine non prenderei come oro colato l'allineamento dato da PSI-Blast o ClustalW; se necessario occorre correggerlo cercando di ottimizzare la sovrapposizione di sequenza tra gli elementi di struttura secondaria presenti sul templato e quelli predetti per il target |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
|
|
|
Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 08 maggio 2008 : 19:37:25
|
| Grazie mille per il supporto...Prima di scrivere la relazione vedrò bene come fare... |
|
|
|
| |
Discussione |
|
Problema Modelling con PdbViewer
Guide tools online
