Ma il meccanismo di reazione che porta alla formazione di un legame peptidico in generale è una sostituzione nucleofila acilica?vorrei sapere se è così dato che l' ammide è un derivato dell' acido carbossilico e tutti i derivati degli acidi carbossilici per quanto ne sappia si formano in tal modo!!Poi ho letto che nelle cellule il meccanismo di formazione del legame peptidico è diverso e richiede l' attivazione del carbossilico da parte del trn.Ora la mia seconda domanda a tal proprosito è:è richiesta l' attivazione da parte del trn perchè il gruppo OH del carbossilico è un nucleofilo più forte rispetto all' NH2 del secondo amminoacido che attacca il primo amminoacido?quindi OH del carbossilico avrebbe difficoltà a staccarsi dal gruppo carbossilico perciò non avviene una normale sostituzione acilica?? vorrei avere dei chiarimenti!!grazie
17,9 KB Considera i due amminoacidi come 1quello legato a destra e 1quello legato a sinistra. Il gruppo alfa-amminico dell'amminoacido2 agisce da nucleofilo e spiazza il gruppo ossidrilico dell'amminoacido1,formando un legame peptidico. I gruppi amminici sono dei buoni nucleofili(vedi la sua costante di basicità che deve essere alta)mentre il gruppo ossidrilico è un pessimo gruppo uscente e non viene sostituito facilmente. A pH fisiologico,questa reazione è molto lenta perchè richiede una elevata energia di attivazione.Per far diventare questa reazione termodinamicamene più favorevole,il gruppo carbossilico deve essere attivato,deve essere cioè modificato per far sì che il suo gruppo OH se ne esca facilmente. NH2 è una base più forte dell'OH e quindi si comporterà l'NH2 da nucleofilo. OHmeno è una delle basi più forti che esistono e quindi non è un buon gruppo uscente.NH2 è comunque più basica dell'OH
Quindi il discorso è questo: il legame peptidico si forma secondo l' immagine sopra ed il meccanismo della reazione è una sostituzione nucleofila(acilica credo!?dato che si ha addizione + eliminazione).Però a ph fisiologico il gruppo uscente OH non è un buon gruppo uscente essendo un nucleofilo forte e perciò ha difficoltà a staccarsi dall' amminoacido,pertanto è richiesta la sua attivazione affinchè possa essere sostituito da nh2 che è anch' esso un nucleofilo forte e dunque un buon gruppo entrante !!GIUSTO????
meglio dire che il gruppo OH è un pessimo gruppo uscente perchè è una tra le BASI più forti che esistono(anche se in questo caso l'NH2 è una base ancora più forte dell'OH e quindi sarà questa a comportarsi da nucleofilo)..e in generale un gruppo uscente per essere un buon gruppo uscente deve essere il meno basico possibile. L'NH2 è un buon gruppo entrante come dici tu,o meglio un buon nucleofilo,pechè è molto basico e quindi effettua l'attaccco nucleofilo