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sassarolo
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
5 Messaggi |
 Inserito il - 09 maggio 2008 : 18:54:40
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Qualcuno potrebbe indicarmi un sito (sicuro) dove poter scarica file con sequenze di UPSTREAM?
Grazie :-)
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Luca Sassa |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2008 : 12:08:56
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Vai su ensembl/biomart.
Parti da qui:
- http://www.ensembl.org/biomart/martview
seleziona Ensembl Genes (release 49 o quella più recente) come database e Homo sapiens come dataset.
Vai su 'Filters', apri la scheda 'Gene', seleziona la casella 'ID list limit' (assicurati di mettere il segno di spunta nella casella), e poi inserisci la lista di geni che ti interessa.
Quindi vai su 'Attributes' e invece che 'Features', seleziona la casella 'Sequences'.
Da qui clicca su 'Flank (Gene)', e poi metti il segno di spunta su Upstream Flank e inserisci il numero di basi che vuoi scaricare.
Adesso per ottenere i risultati della ricerca, clicca su 'Results' (uno dei bottoni rossi in alto), e scegli se scaricare le sequenze su files o in un altro formato.
Citazione:
Qualcuno potrebbe indicarmi un sito (sicuro)
Ensembl originalmente é nato come progetto per creare un sito dove gestire le informazioni del sequenziamento del genoma umano.
Successivamente si é espanso ad altre specie.
Le annotazioni sono piuttosto ben curate (a proposito, se i geni che ti interessano sono umani o di topo, puoi usare il dataset Vega anzichè ensembl 49), e se vuoi avere una idea della affidabilità puoi leggere i papers che hanno pubblicato (http://www.ensembl.org/info/about/publications.html), o fare una ricerca su pubmed per vedere in quanti studi é stato utilizzato.
Se apri il |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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sassarolo
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
5 Messaggi |
Inserito il - 10 maggio 2008 : 17:31:57
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Grazie mille per la chiara e dettagliata spiegazione!
Ho un problema però. Non riesco a scaricare la lista di upstream con l'identificativo del gene di RefSeq pur impostandolo come da tua spiegazione.
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Luca Sassa |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 11 maggio 2008 : 17:58:46
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Che errore ti da?
Prova con l'Ensembl ID (Gene) piuttosto che il RefSeq ID, se ti é possibile.
In effetti un RefSeq ID generalmente non identifica un gene, ma una sequenza, e quindi controlla che i dati che hai siano giusti.
Forse puoi usare lo stesso biomart per convertire gli ID da RefSeq a Ensembl, basta che selezioni Features invece che Sequences tra gli Attributes. |
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sassarolo
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
5 Messaggi |
Inserito il - 11 maggio 2008 : 23:25:33
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Perfetto!
Grazie mille per l'aiuto!
Spero vada tutto bene a Barcellona. Ho vissuto la per 6 mesi di erasmus. Non sai quanto ti invio! |
Luca Sassa |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 maggio 2008 : 11:47:20
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Di nulla :)
Barcellona é proprio una bella città, ci sono stato per più di un anno e ho conosciuto persone fantastiche, che adesso mi dispiace non poter rivedere frequentemente.
Però in questo momento sono tornato a Bologna.. ma semplicemente sono troppo pigro per aggiornare il profilo  . |
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