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hackerzine
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: San Cesareo
4 Messaggi |
 Inserito il - 14 maggio 2008 : 21:33:50
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Salve a tutti,
avrei un piccolo quesito da proporvi..
Ho realizzato un Hidden Markov Model che genera sequenze di 300 nucleotidi, che cambia stato di emissione tra 100 e 200, per poi tornare allo stato 1 per gli ultimi 100 nucleotidi.
Ora dovrei implementare l'algoritmo di Viterbi per definire la probabilità delle sequenze generate. Il problema è che seppure dal punto di vista teorico mi resta chiaro il problema. non riesco a uscirne da quello pratico (scrivere l'algoritmo di Viterbi in C)..
premetto che generata la sequenza, il suo output viene salvato su un Array così da poterlo passare all'algoritmo.
Avete idea di come posso procedere ?
Grazie mille per ogni risposta ...
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O_o Valerio Bianchi o_O |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2008 : 00:05:57
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In C non ti saprei dire più di tanto, cmq non so se hai visto che su wikipedia c'è un buon esempio con l'algoritmo scritto in python, e credo ti possa essere utile come esempio:
- http://en.wikipedia.org/wiki/Viterbi_algorithm |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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hackerzine
Nuovo Arrivato
Prov.: Roma
Città: San Cesareo
4 Messaggi |
Inserito il - 23 maggio 2008 : 09:03:14
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Grazie per l'info.. non conosco pyton.. ma risulta comunque più chiaro del mio libro di statistica per bioinformatica ^^ ..speriamo bene !!!
A presto |
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O_o Valerio Bianchi o_O |
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mikymiky
Nuovo Arrivato
Prov.: Brescia
Città: lonato
45 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2008 : 20:22:29
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aaa.. già che ho letto questa discussione..
ma in breve qualcuno mi può dire cos'è un HMM? cioè, quando si usa e perchè.. e che risultati mi fa ottenere?
grazzzzie :) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 giugno 2008 : 21:04:52
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Citazione:
ma in breve qualcuno mi può dire cos'è un HMM? cioè, quando si usa e perchè.. e che risultati mi fa ottenere?
Apri un topic nuovo per porre una domanda diversa. C'é già qualche discussione simile a ciò che chiedi in archivio, ma credo che sia sbaglata. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Hidden Markov Model e algoritmo di viterbi...
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