Come trovare ligandi putativi per il mio modello?

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Autore

Discussione

kORdA
Utente Attivo

Prov.: Milano
Citt�: Monza

1303 Messaggi

Inserito il - 13 giugno 2008 : 09:50:57

Ciao a tutti, stavolta sono io ad aver bisogno di una mano.

Sto cercando un servizio web che datogli in pasto un motivo strutturale (ad es. un motivo Ig-like) mi compili una lista di tutti i possibili ligandi* annotati finora per quel tipo di dominio (da complessi in file PDB, a note bibliografiche, ecc.).

Sapete indicarmi qualche sito?

*: ligandi veri e propri, non ricerca di cavita' come possibili siti di legame

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 13 giugno 2008 : 12:24:25

ciao,
accidenti, non so bene come aiutarti :(

Potresti utilizzare pfam o prosite per individuare se il tuo motivo � annotato in qualche maniera, e poi guardare l'entry corrispondente su uniprot, dove i ligandi sono annotati (non so con quali evidenze).

Hai provato a cercare qualche articolo a proposito su pubmed o con google?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)