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Autore Discussione  

Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi
Inserito il - 14 giugno 2008 : 15:53:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti. devo ancora una volta chiedere aiuto a questo forum!
volevo sapere se qualcuno conosce un programma possibile da scaricare per poter ottenere delle immagini 3D possedendo le immagini parziali dei vari piani di sezione prese al microscopio confocale...non so se è possibile come cosa, ma se qualcuno può aiutarmi mi farebbe un grandissimo favore!!!
grazie!
simona

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 14 giugno 2008 : 23:08:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In genere lo fa il software del confocale.
In alternativa lo puoi fare con ImageJ: http://rsb.info.nih.gov/ij/
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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 13:09:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si l'avevo già scaricato su tuo consiglio!
però non riesco a capire come poter fare per elaborare una immagine tridimensionale dalle foto singole!non è che potresti darmi qualche consiglio?grazie mille!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 13:24:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Guarda, ho provato a fare ricostruzioni 3D solo un paio di volte, comunque credo che basti aprire le immagini dei vari piani focali poi fare: Image -> Stack -> Image to Stack, che ti mette le immagini in uno stack. Se hai già le immagini in stack (es. in un file .lsm) puoi aprire direttamente quello.

Ora puoi fare: Image -> Stack -> 3D Project

Probabilmente dovrai giocare un po' con i parametri, ma non ti so aiutare più di tanto....

Se cerchi su Google si trovano varie altre plugin per ImageJ che ti permettono di generare immagini 3D, dovresti un po' provare e vedere se c'è qualcosa che fa al tuo caso...
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 13:41:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se cerchi su pubmed 'confocal imaging', trovi qualcosa di interessante, tipo questo:
- http://www.jneurosci.org/cgi/content/full/27/47/12757 (www.imagesurfer.org)
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Simona84
Utente Junior


Città: milano


131 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 15:05:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Simona84 Invia a Simona84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
vi ringrazio tantissimo per l'aiuto!ora mi metterò d'impegno e cercherò di combinare qulacosa!
grazie!
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 16:35:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cacchio...questo ImageJ fa miracoli...
Dovrò imparare ad usarlo bene prima o poi.......
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 15 giugno 2008 : 21:44:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bello quell'imageSurfer! Oggi quasi quasi lo provo in lab :)
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valbusagio
Nuovo Arrivato



5 Messaggi
Inserito il - 30 giugno 2008 : 15:29:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di valbusagio Invia a valbusagio un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao, provate itk-snap per renderizzare i volumi a partire dalle sezioni. Ciao
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