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GHYA81
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Prov.: Bologna
Città: bologna
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 Inserito il - 14 giugno 2008 : 18:11:08
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ciao a tutti sono alle prese con un problema che non so assolutamente risolvere qualcuno saprebbe darmi una mano?
il problema è a metà tra la genetica e la biologia molecolare ed è il seguente:
quante copie del cromosoma 21(46,95Mb) ci sono in 10 microgrammi di dna che è stato precedentemente prelevato da linfociti di un paziente con la sindrome di down?
AIUTOOO 
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
 Inserito il - 14 giugno 2008 : 20:59:21
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non sono convintissimo dell'esercizio non dovrebbe essere sbagliato ma fatemi il favore di controllare:
1 cr 21 pesa Da = 4,695 10E7 pb (ovvero 46,95 megabasi moltiplicato per 10E6) X 660 Da/pb = 3,0987 10E10 Da
poiche' 1 Da = 1,6603 10E-24 gr allora
1 cr21 pesa in gr = 1,6603 10E-24 gr/Da X 3,0987 10E10 Da = 5,146 10E-14 gr
10 ug (microgrammi) di Dna estratto = 10E-6 gr (ovviamente e' una quantita' diploide dato che e' estratto dai linfociti)
il dna estratto e' da un individuo con trisomia del cromosoma 21 il cui genotipo e' 47, XX o XY, + 21
ora non si puo' considerare il seguente calcolo giusto perche' si e' estretto il dna totale e non si ha solo il dna con i
soli cr 21:
numero di copie cr 21 in 10 ug = 10E-6 gr / 5,146 10E-14 gr/copia = 1,9 10E7 copie ovvero 19.432.818,9 copie.
in un individuo con genotipo 46, XX o XY ovvero sano e' di 6 10E9 pb (sempre in un genoma diploide)
il peso in gr per un individuo con 46 cr
6 10E9 pb X 660 Da/pb X 1,6603 10E-24 gr/Da = 6,57 10E-12 gr
il peso in gr di un individuo con trisomia del cromosoma 21 e': 6,57 10E-12 gr + 514,6 10E-12 gr = 5,2 10E-10 gr
ora non so come che unita' di misura mettere, cmq faccio una proporzione:
10E-6 gr : 5,2 10E-10 = X : 5,146 10E-14 gr X = 9,88 10E-11 gr
numero di copie di cr 21 e' 9,88 10E-11 / 5,14 10E-14 = 1922
ora ditemi se e' giusto il ragionamento non mi sembra sbagliato ma piu' teste sono meglio di una.
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GHYA81
Nuovo Arrivato
Prov.: Bologna
Città: bologna
9 Messaggi |
 Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:06:42
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grazie infinitamente per avermi risposto...ormai non ci speravo più...
ieri sono riuscita ad avere la soluzione dell'esercizio da una mia amica ma cmq il motivo di alcuni passaggi rimane a me sconosciuto....
posto la soluzione tanto per non lasciarvi in sospeso e poi magari se qualcuno è così gentile da chiarirmi alcuni punti...è ancora meglio...
la soluzione dell'arduo esercizio è la seguente:
la lunghezza di un genoma aploide è 3.2x10^9bp
quindi conseguentemente il suo peso è:
(3.2x10^9)x660 dalton=2.112x10^12 dalton
ovvero 1 mole di DNA pesa= 2.112x10^12g
ma per continuare a lavorare dobbiamo convertirlo in feiptogrammi:
2.112x10^12g=2.112x10^27fg
in una mole ci sono un numero di avogadro di molecole per cui per ricavare il peso di una molecola faremo:
2.112x10^27/6.02x10^23=0.35x10^4fg
a questo punto posso calcolare quante molecole ci sono in 10 microgrammi(ovvero10^10fg) come chiesto dal problema:
10^10fg/0.35x10^4=2.8x10^7
quanti cromosomi21 ci sono?
(2.8x10^7)x3=8.4x10^7
a questo punto però bisogna apportare una corrreziona dato che un genoma completo di un individuo affetto dalla sindrome di down ha 47CROMOSOMI e non 46!!!!!!
quindi considerando ciò il suo genoma totale sarà:
(3.2x10^9)+0.04695x10^9bp/2=3.2235x10^9
ed è qui che non riesco a capire il perchè della divisione per 2!!!!!!
da questo punto in poi il procedimento è lo stesso usato nella prima parte del problema...
spero che possa essere utile a qualcuno e soprattutto che qualcuno riesca a spiegarmi il motivo della divisione del della lunghezza del cromosoma 21 per due!!!!!
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gianpierolandolfi
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84 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:21:07
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| ma quanto ti viene? |
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frau_frosch
Utente Junior
Città: Boston
225 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:32:21
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Fino al calcolo del peso di una copia di "peso in gr di un individuo con trisomia del cromosoma 21" va bene (che detta così sembra che il poveretto pesi IN TOTO 5,2 10E-10 gr !! ihih ).
Sulla parte finale ho qualche dubbio.
Di fatto tu hai fatto il seguente calcolo: hai preso la tua incognita e l'hai divisa per il peso di un cromosoma 21. Esplicitando il calcolo (tolgo per praticità le unità di misura):
X / 5,14 10E-14 =
= [(10E-6 5,14 10E-14 ) / 5,2 10E-10] / 5,14 10E-14 =
= (10E-6 5,14 10E-14) / ( 5,2 10E-10 5,14 10E-14)
Come vedi hai moltiplicto e diviso per uno stesso numero, per cui semplificando hai solo diviso la quantità di DNA estratta per il peso di una copia di genoma 46,X? +21;questo significa ottenere il numero di copie di genoma 46,X? +21 estratte.
L'esercizio però chiedeva il numero di copie di cromosoma 21, per cui questo numero va moltiplicato per 3, essendo in trisomia.
Altro appunto: 10 microgrammi = 10 10E-6 = 10E-5...una svista scema!
Riassumendo:
1) calcolare il peso di un cromosoma 21
2) calcolare il peso di un genoma diploide
3) calcolare il peso di un genoma 46,X? +21
4) dividere l'estratto per questo numero, ottenendo il numero di copie di genoma
5) moltiplicare il tutto per 3
sembra una ricetta di cucina..servire ben caldo, mi raccomando!
per GHYA 81:
la risoluzione che hai avuto è assolutamente analoga, solo che hanno lavorato con il genoma aploide e non diploide.
per calcolare il peso del genoma "Down" noi abbiamo proposto di partire dal diploide e aggiungere un 21.
Loro invece hanno usato il diploide, per cui:
(2N + 21)/2 = 2N/2 + 21/2 = N/2
Spero di essere stata utile e di avere semplificato il discorso il più possibile...buona domenica a tutti!!!
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
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frau_frosch
Utente Junior
Città: Boston
225 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:34:40
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| Volevo dire... "Loro invece hanno usato l'APLOIDE" |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:45:30
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adesso devo studiare un altra cosa e non ho il tempo di mettermi..
frau_frosch sei stata davvero chiara nella spiegazione, grazie.
Quando hanno tirato fuori i fentomoli non ho capito il perche'.....
Dai sono contento che non fosse cos' cannato.
10 um = 10E-6...... si effettivamente non me ne ero accorto, sai preso dal ragionamento
Ma all'esame il profe pero' non dice o guarda una svista ti abbassa il voto.....
ciao
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 11:57:52
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alla fine tanto per completare i calcoli
viene 10E-5/5,2 10E-10 = 19230,76923 ovvero 19231..
ciao.... |
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frau_frosch
Utente Junior
Città: Boston
225 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 12:00:45
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Eheh sono "sintetici" loro! Non ho espresso commenti sul "DOBBIAMO" convertire a femtomoli per non dilungarmi, però in effetti son rimasta perplessa =). Nessuna conversione è necessaria, servono solo per facilitarti il lavoro... poi tanto alla fine lavori con le potenze e fai prima ihih!
Ah, mi sono accorta che ho scritto male una cosa, per cui la riscrivo:
Loro invece hanno usato l'aploide, per cui:
(2N + 21)/2 = 2N/2 + 21/2 = N + 21/2
Buono studio ! (Ora ci vado anche io a studiare ihih) |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 12:03:36
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ho un dubbio, quando hai detto:
"L'esercizio però chiedeva il numero di copie di cromosoma 21, per cui questo numero va moltiplicato per 3, essendo in trisomia" io non sarei d'accordo....
proprio perche' e' una trisomia per avere il valore unitario si dovrebbe dividere per 3 non moltiplicare.... |
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GHYA81
Nuovo Arrivato
Prov.: Bologna
Città: bologna
9 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 12:06:27
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| grazie mille per l'esauriente spiegazione..non potevi essere più chiara di così... buono studio |
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frau_frosch
Utente Junior
Città: Boston
225 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 13:12:35
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Moltiplichi per tre perchè quello che hai ottenuto è il numero di copie di genoma e in ogni genoma hai 3 cromosomi 21.
Per rendertela più semplice: se ti chiedessero "quanti cromosomi 21 ci sono in un genoma con trisomia del 21?", tu risponderesti 3 ovviamente.
E in X genomi? X moltiplicato 3!
è più chiaro ora? |
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gianpierolandolfi
Nuovo Arrivato
84 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2008 : 15:34:11
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Si si ho capito. Grazie. :) MOlto chiara.
Quindi il valore finale e' 19231 X 3 = 57l93
ciao
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 02 settembre 2008 : 17:59:42
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Scusate riprendo questo esercizio visto che è stato richiesto ancora.
Aggiungo solo 2 appunti, la spiegazione (sopratutto le chiarificazioni date da frau_frosch) mi sembra ottima e anche il ragionamento di gianpierolandolfi.
Solo che a parte considerare genoma aploide o diploide (anche io lo avrei considerato diploide comunque) non arriverete allo stesso risultato perchè gianpierolandolfi ha usato un numero più approssimato 6Gb per il genoma diploide, mentre GHYA81 3,2Gb per quello aploide, sarebbe meglio utilizzare 6,4Gb per il genoma diploide. Ma il ragionamento comunque è corretto.
Piccolo erroruccio... (del Prof??? spero di no!)
Citazione:
Messaggio inserito da GHYA81
...a questo punto posso calcolare quante molecole ci sono in 10 microgrammi(ovvero10^10fg) come chiesto dal problema:
10^10fg/0.35x10^4=2.8x10^7
10^10fg/0.35x10^4 = 2.8x10^6
Edit: ok corretto piccolo erroruccio anche mio... tanto non se ne era accorto ancora nessuno!!! |
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Discussione |
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Peso di un cromosoma
Didattica
